灵芝作为法定药材，收载在中华人民共和国药典2010年版一部，记载如下：灵芝Lingzhi GANODERMA，本品为多孔菌科真菌赤芝Ganoderma lucidum(Leyss.ex Fr.)Karst或紫芝Ganoderma sinense Zhao，Xu et Zhang的干燥子实体。
也就是说：灵芝是属于多孔菌科真菌。本文就灵芝科属归类查阅有关文献。“中国药典”把灵芝归为多孔菌科来源于一九七五年版的中药大辞典。江苏新医学院《中药大辞典》编写组上海科学技术出版社，上面是这样描述的：灵芝草，为多孔菌科植物紫芝或赤芝的全株：原植物紫芝Ganoderma japonicum(Fr.)Lioyd，赤芝Ganoderma lucidum(Leyss.ex Fr.)Karst，其中赤芝拉丁学名一字不变，紫芝学名后面有差异，而更为突出的是七五年生物分类学仍是二界，即灵芝草归为植物类，而2000年版药典已是作为真菌类，这是科学进步所然；作为药典，随着生物分类的科学性客观和严谨性，现代生物分类已分为八界了，真菌在分类学中的地位也随着科学技术进步而确立，而发展成为独立界-真菌界。我们简单回顾一下生物学的分类历史：
1735年建立的古老的林奈两界系统中，真菌属于植物界真菌门。从林奈时代直到20世纪50年代，200多年间一直被沿用。
Hogg和Haeckel先后在1860年和1866年建立一个由低等生物组成的第三界-原生生物界。这个三界系统把生物划分为原生生物界、植物界和动物界。原生生物界包括所有的单细胞生物、藻类、原生动物和真菌。
Copeland在1938-1956年期间，进一步把“无核类细胞”分出独立为界，建立一个四界分类系统，即菌界（细菌和蓝藻），原生生物界（真菌和一部分藻类）、植物界和动物界。
1959年WittaKer采用了另一种四界分类，原生生物界（细菌、蓝藻、原生动物）、真菌界、植物界（包括绿藻和红藻）和动物界。10年后，即1969年WittaKer又把四界系统发展为五界系统，包括原核生物界、原生生物界、植物界、真菌界、动物界。这是一个比较完整的纵横统一的系统，在纵的方面显示了生物进化的三大阶段：无细胞生物→原核单胞生物→真核（单胞→多胞）生物。在横的方面显示了生物演化的三大方向，即光合作用的植物，吸收营养的真菌和摄食的动物。目前这个系统已经在生物学和真菌学的教科书中被普通采用。
近年来，由于分子生物学技术的发展，分类学家们将rRNA的碱基序列用于系统发育的分析中，1977年首先由Woset和Fox提出整个生物界划分为细菌、古菌及真核生物三大超界，其后，出现了生物八界系统（Cavalier-Smith，1988～1989年），这反映了当前人们的认识水平。生物八界系统是在生物界级水平上追求系统的自然性、减少人为性的体现，更为科学和客观。
灵芝在1996年由Alexopoulos等学者所建立的真菌分类系统中是属于菌物界（Fungi）、担子菌门（Basidiomycota）、层菌纲（Hymenomycetes）、非褶菌目（Aphyllophorales）、灵芝科（Ganodermataceae）、灵芝属（Ganoderma）的生物。属名Ganoderma是1881年由Karsten学者根据表皮有漆光的子实体而命名，并以Ganoderma lucidum为本属的代表种。
按此系统分类，灵芝不是多孔菌科（Polyporaceae），明显与药典的多孔菌科有别。
由于药典的权威性和法律地位，从1975年至在2013年12月以前，几乎有关药食两用的灵芝论文、书刊、杂志等均把灵芝归为多孔菌科。
由于科学技术进步以及从分子水平上，分类学家将rRNA的碱基序列用于类别分析。生物分类学家Wittaker的真菌界实际上只有壶菌、接合菌门、子囊菌、担子菌和半知菌类，它们在亲缘关系上被认为是一元的单亲类菌（monopolyletic group）。
药食用真菌的分类是从真菌的形态学、细胞学、生理学和生态学等特征为依据，特别是从有性繁殖阶段的形态特征包括超微结构（分子级水平）为主要依据。
根据国际上公认的一些合理的分类系统给每种真菌命名。药食用真菌以大型真菌为主，分布于2个亚门，它们是子囊菌亚门、担子菌亚门，6纲、21目、50科、122属、380多种，而赤芝和紫芝正是根据此系统归类的（见前面所述）。
中国药典2010年版一部仍是采用旧的分类系统归类，此文目的是建议下次修订的一部，灵芝的学名应采用本文前述的建议，灵芝与其他多孔菌科最大的区别在于其孢子是具有双层壁，外壁透明，内壁黄褐色且多具有疣状小刺，灵芝的子实体因具有假漆状分泌物，所以有光亮的表皮。也希望各位专家、学者，尤其是生物分类学者给本文更多的建议和指正。
参考文献：
国家药典委员会.中华人民共和国药典.中国医药科技出版社,2012,10．
陶文沂,敖宗华,许泓瑜等.药食用菌生物技术.北京,化学工业出版社,2007．
南京中医学院主编. 中药大辞典（上册），上海科学技术出版社出版，2006 ．
林志彬.灵芝的现代研究,北京大学医学出版社，2007．
林志彬.灵芝从神奇到科学,北京大学医学出版社，2013．
