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在菌种只发生轻微变异的时候，应尽早采取措施，将变异的核与未变异的核分开。在病毒数量还不多或病毒刚刚侵染时，分离提纯得到无毒的菌丝片段在扩繁成保持了原有种性的菌株，这都需要很好的菌丝或细胞核的分离技术，目前应用的只有原生质体再生异核体分离方法和菌丝尖端分离方法。原生质体再生异核体分离方法可通过原生质体的制备过程，机械性的将不同部位的核分离开来，同时也会将负向变异的核与未变异的正常细胞核分离开来，从而达到分离提纯的目的。
菌种真实性检测方法标准
我国多年发生的食用菌菌种事故，多数是品种错误，导致栽培失败，造成重大经济损失。如浙江先后2次出现香菇菌种错误，导致栽培措施不当烂棒，造成栽培者重大经济损失。菌种生产者认为出售的是品种甲，实际销售的缺失品种乙，按照品种甲的特性向菇农推荐相应栽培技术，按照品种甲的栽培技术要点栽培品种乙，当然不会获得预期栽培效果。这场菌种事故波及科研单位、技术推广部门、菌种厂和当地各级政府，影响恶劣。质检机构出具的菌种真实性检验报告表明，这完全是菌种品种错误所致。可见，菌种的真实性鉴定在食用菌菌种质量检验中至关重要，特别在菌种事故的技术仲裁中，常是关键的法定检验数据。质检工作要求的时间性强，要求在短时间内获得科学准确的数据。食用菌品种的诸多特性都需要栽培法进行检验，这为菌种的真实性检验带来很多困难。随着分子生物学技术的发展，新技术和新方法不断涌现，但是作为检测的标准方法，尚需要更大量的试验和验证。
食用菌菌种培养环境条件的调控
不同种和品种的食用菌，菌丝体生长的适宜条件不同，这主要是温度、湿度、光线和通风。在实际生产中，要尽量使这些条件调整到最适宜