微波杀菌杀虫卵与传统方式相比的优势：
微波杀菌杀虫卵设备是一种物理杀菌方法，它不需要添加化学防腐剂就能够杀灭细菌、霉菌和虫卵，以及病毒等有害人体的微生物，它在杀灭有害微生物过程中，不会对食品残留毒性或放射性物质的污染，安全无害。也不会改变食品的色香味和营养成分。
在同样杀菌温度下，所需杀菌杀虫卵时间短，不需要预热。如大肠杆菌杀灭时间约30S。在相同杀菌条件下，菌致死的温度比较低，且杀菌效果极为显著。
能同时对被杀菌物料表里实施整体杀菌杀虫卵，极大地缩短杀菌杀虫卵周期，并保证杀菌杀虫卵的一致性。大大的延长了产品的保存期，是目前农产品的首选。