据不完全统计，我国现行食用菌国家食品安全标准1项、国家标准39项、行业标准110多项，地方标准200多项。涉及基本术语、菌种、生产规范、产品、生产加工技术规范、出口产品要求、绿色（无公害、有机）产品、地理标志产品、检测技术方法等方面。与当前已经形成一定产量的30多个食用菌主要品种、工厂化与装备设施快速进步以及流通形态多样化相比，现有的标准体系及应用情况已经捉襟见肘，现有体系迫切需要抓紧翻新补漏，标准空白的环节尤其需要立标立杆，以保证产业发展实现“正步走”。
在药用范围，《中国药典》（2015版）记载的有中药（药材、成药）、化药、生物制品、重组制品、药用辅料等。我国正式列入药用的真菌约有50多种，常用的有30多种，被明确纳入药典的食用菌类有六种，分别为灵芝、云芝、茯苓、猪苓、雷丸和冬虫夏草，分别有相应的标准。
可用于保健食品“真菌菌种”，在《可用于保健食品的真菌菌种名单》共列入11种：酿酒酵母、 产朊假丝酵母、 乳酸克鲁维酵母、卡氏酵母、 蝙蝠蛾拟青霉、蝙蝠蛾被毛孢、灵芝、 紫芝、松杉灵芝、红曲霉、 紫红曲霉。
2008年以来，原卫生部和国家卫生计生委公告批准的新食品原料（新资源食品）名单，涉及食用菌的新食品原料有3种，蛹虫草、广东虫草子实体、茶藨子叶状层菌发酵菌丝体。
卫计委公告明确不是普通食品的名单：西洋参、鱼肝油、灵芝（赤芝）、紫芝、冬虫夏草、莲子芯、薰衣草、大豆异黄酮、灵芝孢子粉、鹿角、龟甲 。
在《按照传统既是食品又是中药材物质目录》中收入共有86种，其中有茯苓。
与此相对应，我国已报道的食药用真菌近1000种，共有450余种药用真菌具有药效，具有抗癌的达184种。我国约有18万种菌物资源，但仅对约8%的资源有初步认识，对90%以上的资源仍一无所知。
其实，食用菌与药的距离还相当远。《中华人民共和国药品管理法》（1984年9月20日第六届全国人民代表大会常务委员会第七次会议通过，之后于 2001年修订， 2013年和2015年两次修正）规定：药品，是指用于预防、治疗、诊断人的疾病，有目的地调节人的生理机能并规定有适应症或者功能主治、用法和用量的物质，包括中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、放射性药品、血清、疫苗、血液制品和诊断药品等。辅料，是指生产药品和调配处方时所用的赋形剂和附加剂。药品生产企业，是指生产药品的专营企业或者兼营企业。药品经营企业，是指经营药品的专营企业或者兼营企业。
在《历代本草文献所载具有保健作用的食物名单》中，食用菌也可偶见：
聪耳（增强或改善听力）类食物：莲子等。
明目（增强或改善视力）类食物：山药等。
生发（促进头发生长）类食物：白芝麻等。
润发（使头发滋润、光泽）类食物：鲍鱼。
乌须发（使须发变黑）类食物：黑芝麻、核桃仁、大麦。
长胡须（有益于不生胡须的男性）类食物：鳖肉。
美容颜（使肌肤红润、光泽）类食物：枸杞子等。
健齿（使牙齿坚固、洁白）类食物：花椒、蒲菜、莴笋。
轻身（消肥胖）类食物：菱角等。
肥人（改善瘦人体质，强身壮体）类食物：小麦等。
增智（益智、健脑等）类食物：粳米、荞麦、核桃、葡萄、菠萝、荔枝、龙眼、大枣、百合、山药、茶、黑芝麻、黑木耳、乌贼鱼。
益志（增强志气）类食物：百合、山药。
安神（使精神安静、利睡眠等）类食物：莲子等。
增神（增强精神，减少疲倦）类食物：茶、荞麦、核桃。
增力（健力，善走等）类食物：荞麦、大麦、桑葚、榛子。
强筋骨（强健体质，包括筋骨、肌肉以及体力）类食物：栗子、酸枣、黄鳝、食盐。
耐饥（使人耐受饥饿，推迟进食时间）类食物：荞麦、松子、菱角、香菇、葡萄。
能食（增强食欲、消化等能力）类食物：葱等。
壮肾阳（调整性功能，治疗阳痿、早泄等）类食物：核桃仁等。
种子（增强助孕能力，也称续嗣，包括安胎作用）类食物：柠檬等。
在历代本草文献所载具有治疗作用的食物中，也可见到食用菌：
散风寒类（用于风寒感冒病症）食物：生姜、葱、芥菜、芫荽。
散风热类（用于风热感冒病症）食物：茶叶、豆豉、杨桃。
清热泻火类（用于内火病症）食物：茭白、蕨菜、苦菜、苦瓜、松花蛋、百合、西瓜。
清热生津类（用于燥热伤津病症）食物：甘蔗、番茄、柑、柠檬、苹果、甜瓜、甜橙、荸荠。
清热燥湿类（用于湿热病症）食物：香椿、荞麦。
清热凉血类（用于血热病症）食物：藕、茄子、黑木耳、蕹菜、向日葵子、食盐、芹菜、丝瓜。
清热解毒类（用于热毒病症）食物：绿豆等。
清热利咽类（用于内热咽喉肿痛病症）食物：橄榄等。
清热解暑类（用于暑热病症）食物：西瓜等。
清化热痰类（用于热痰病症）食物：白萝卜等。
温化寒痰类（用于寒痰病症）食物：洋葱等。
止咳平喘类（用于咳嗽喘息病症）食物：百合等。
健脾和胃类（用于脾胃不和病症）食物：南瓜等。
健脾化湿类（用于湿阻脾胃病症）食物：薏苡仁、蚕豆、香椿、大头菜。
驱虫类（用于虫积病症）食物：榧子等。
消导类（用于食积病症）食物：萝卜等。
温里类（用于里寒病症）食物：辣椒等。
祛风湿类（用于风湿病症）食物：樱桃等。
利尿类（用于小便不利、水肿病症）食物：玉米等。
通便类（用于便秘病症）食物：菠菜等。
安神类（用于神经衰弱、失眠病症）食物：莲子、百合、龙眼肉、酸枣仁、小麦、秫米、蘑菇、猪心、石首鱼。
行气类（用于气滞病症）食物：香橼等。
活血类（用于血淤病症）食物：桃仁等。
止血类（用于出血病症）食物：黄花菜、栗子、茄子、黑木耳、刺菜、乌梅、香蕉、莴苣、枇杷、藕节、槐花、猪肠。
收涩类（用于滑脱不固病症）食物：石榴等。
平肝类（用于肝阳上亢病症）食物：芹菜、番茄、绿茶。
补气类（用于气虚病症）食物：粳米、糯米、小米、黄米、大麦、山药、莜麦、籼米、马铃薯、大枣、胡萝卜、香菇、豆腐、鸡肉、鹅肉、鹌鹑、牛肉、兔肉、狗肉、青鱼、鲢鱼。
补血类（用于血虚病症）食物：桑葚、荔枝、松子、黑木耳、菠菜、胡萝卜、猪肉、羊肉、牛肝、羊肝、甲鱼、海参、草鱼。
助阳类（用于阳虚病症）食物：枸杞菜等。
滋阴类（用于阴虚病症）食物：银耳、黑木耳、大白菜、梨、葡萄、桑葚、牛奶、鸡蛋黄、甲鱼、乌贼鱼、猪皮。
