会议主要议程为：协会工作报告；中央党校报告；宣读《食用菌安全广州宣言》；《中国食用菌协会会员管理办法（审议稿）》、人事调整等议案；宣读《关于成立中国食用菌协会创新发展模式研究课题组的说明》；大会讨论；审议并通过协会工作报告、《中国食用菌协会会员管理办法(审议稿)》、人事调整等议案；中国食用菌协会会长张祥茂总结讲话等。
中国食用菌协会会长张祥茂代表理事会向大会作了《认真贯彻落实十八大精神，扎实工作，为更好地服务“三农”做贡献》的工作报告。报告回顾总结了协会2012年的工作，并对2013年工作作出部署。
报告中指出，2012年，面对食用菌综合生产成本上升，出口退税取消，食用菌产品质量安全隐患频发的重重压力，协会深入学习实践科学发展观，认真贯彻落实党的十七届六中全会和十八大精神，以及中华全国供销合作总社《关于加快推进行业协会改革发展的意见》和《关于加快主管行业协会市场化发展的意见》，为把食用菌产业做大、做强、做优积极努力工作。在加强协调与合作，争取政策支持，组织行业行动、提升整体实力，搭建服务平台、促进交流与合作，强化职能建设与内部管理、提升服务能力，重视宣传与推广、发布信息，承办国际活动、彰显食用菌大国形象等方面开拓进取，创新发展，取得了良好的效果。
2012年，在协会和全行业的共同努力下，食用菌总产量稳步增长，科技贡献率不断提高，新型合作组织发育成长，农民从食用菌中获得的收益持续增加，百姓消费的食用菌品种丰富，供应充足，食用菌大国地位进一步巩固加强。
2013年是以习近平为总书记的党中央带领我们坚持中国特色社会主义道路，坚持改革开放，向小康社会昂首迈进的第一年，也是我国食用菌行业向又好又快方向迈进，产业基础良好，政策环境优化，市场需求和产业转移带来机遇的一年。协会要顺应时代变化，遵循发展规律，努力构建集约化、专业化、组织化、社会化相结合的经营体系，扎实工作，为更好地服务“三农”做出应有的贡献。
在新的一年，协会将继续学习贯彻落实党的十八大和中央1号文件精神，以创新发展为主题，以提升行业整体实力为核心，继续抓好小蘑菇新农村、食用菌产业化、专业合作社示范社、提高行业人才素质、菌文化建设、质量安全与行业自律、食用菌市场体系建设、行业发展课题研究、向中西部推进、加强协会自身建设等十四项工作，走具有中国特色的中国食用菌发展道路。
中共中央党校国际战略研究所教授、博士生导师刘德喜向大会作题为《超越之路（全球视野下的中国特色社会主义道路）——十八大主题的战略思考》的专题报告。
报告重申了党的十八大主题和中国特色社会主义内涵，介绍了超越之路课题的依据、内容，并着重阐述了课题与“三农”问题的内在联系。报告中指出，建立生态文明是当今世界发展潮流，中国特色社会主义道路在这个潮流中有超越西方工业文明的可能性，“三农”发展是实现超越之路的重要支柱，而食用菌产业是促进“三农”发展的重要产业，是课题重点研究方向。报告还指出，中国食用菌协会2012年的工作轨迹和2013年工作思路符合特色社会主义发展方向，符合“三农”发展方向。
为确保食用菌产品质量安全，推动食用菌产业健康持续发展，中国食用菌协会副会长李尚元向大会宣读了《食用菌安全广州宣言》，做出积极宣传普及食用菌安全知识、促进食用菌产品质量安全、加强行业自律、主动接受监管机构质量监督等六项承诺。
中国食用菌协会秘书长何海龙向大会宣读了《中国食用菌协会会员管理办法（审议稿）》、《关于名誉会长、名誉副会长、副会长、常务理事、理事调整的建议》等议案提请会议审议，并宣读《关于成立中国食用菌协会创新发展模式研究课题组的说明》。
随后，与会代表就协会工作报告等多项议案以及协会今后的工作方向展开了热烈的讨论。针对目前工厂化食用菌价格波动的问题，与会者提出：一要大力宣传食用菌，提升食用菌行业影响力，利用各种方式扩大消费市场，二要发挥协会优势，争取政策支持；三要做好行业自律，不搞恶性竞争等；针对目前食品安全事故频发的现状，与会者提出要发挥食用菌高效农业、绿色农业、循环农业的特点，做好科普宣传。关于中国食用菌协会创新发展模式研究课题组，有的代表提出希望能增加企业性成员。对协会2013年工作安排，与会者在肯定协会工作思路的基础上，提出要狠抓落实。针对行业人才紧缺问题，有的代表提出：一要加大业内职业技术培训的力度和广度，和劳动部门加强合作，提高职业培训的含金量，二要推动大专院校广泛设立食用菌专业，培养专业技术人才。参会代表还就协会数据统计工作、循环经济、产量与质量效益、深加工、食用菌文化建设等问题进行了广泛的讨论和发言。
经大会讨论，一致通过了协会工作报告、《中国食用菌协会会员管理办法（审议稿）》、《关于名誉会长、名誉副会长、副会长、常务理事、理事调整的建议》、《关于开展食用菌行业“百村、百社、百人、百企、百品”争先创优活动的意见》、《关于推进食用菌专业合作社示范社建设的意见》、《食用菌安全广州宣言》、《关于成立中国食用菌协会创新发展模式研究课题组的说明》和《中国食用菌协会关于转让<中食泰达公司>股份的决议》等报告与议案。
最后，张祥茂会长作了总结讲话。张会长指出，做大、做强我国食用菌产业是我们的共同愿望。我国是世界上食用菌生产、消费大国，食用菌产业中出现的价格波动、质量安全等问题都引起社会极大关注，这说明我们行业的影响力正在扩大。 近年来，食用菌产业走的是一条快速发展之路，但是发展中也伴生着许多问题，协会和行业要跟上时代发展步伐，研究新问题、新情况，在当前面临的食品安全、标准制定、产业化等问题上有所作为，形成合力，为行业发展寻求支撑点；党的十八大后政府机构改革，政府职能转换，协会要努力适应这种变化，加强自身建设，提升服务水平，创新发展模式研究课题组也是在这种形势下成立的，课题组旨在探讨新形势下协会发展的新定位、新任务，提高服务水平，推动我国食用菌产业的发展，为协会和行业的发展提供理论基础。
张会长最后指出，大家对协会工作和行业发展提出了许多具有长远眼光的意见和建议，协会会逐条研究落实，做好各项服务工作。他同时希望各位副会长、常务理事、理事在协会提供的平台上，能身居其位，名实一致，积极建言献策，发扬集体智慧，推动协会和行业进一步发展。
下午，召开了南方食用菌产业发展大会、中国食用菌协会市场流通专业委员会和工厂化专业委员会成立大会。
会议期间，举办了中国食用菌协会工厂化企业“安全承诺宣言”新闻发布会。人民日报、 经济日报、新华社、中央电视台、中央人民广播电台等近60家媒体参加了本次新闻发布会，并进行了深入宣传。
3月26日，参会代表参观了广东微生物研究所科学城生产基地和江门无限极中国有限公司。
中国食用菌协会第五届第三次常务理事（扩大）会议期间，召开了中国食用菌协会第二届专家委员会会议。会议审议通过了中国食用菌协会专家委员会章程，并对第二届专家委员会主任委员、副主任委员及常务委员进行了表决。
