【作者】尉洪涛 陈秀珍 陈飞 黄建忠 董志扬
【机构】福建师范大学生命科学学院 工业微生物教育部工程研究中心 福建省现代发酵技术工程研究中心中国科学院微生物研究所
【摘要】以前期里氏木霉RNA-seq中发现的7个糖苷水解酶基因为对象,分析其不同条件下的表达特性,以期为寻找新的纤维素降解功能酶提供证据。运用生物信息学方法,分析了7个基因可能的编码产物和结构特征。以不同的产纤维素酶菌株(QM9414、RUTC30)为材料,采用实时荧光定量PCR,对7个糖苷水解酶基因(编号4-10)在各种碳源条件下转录情况与主要的3个纤维素酶基因cbh1,cbh2,egl1(编号1-3)进行了比较分析。信息学分析表明,7个基因编码蛋白分属于GH47(4号、5号),GH92(6-8号),GH16(9号),GH31(10号)糖苷水解酶家族,具有典型的信号肽序列。cbh1,cbh2,egl1基因在纤维素酶诱导条件下,转录水平均表现显著的增加,上调倍数以QM9414菌株表现的最高。QM9414菌株中,cbh1,cbh2,egl1基因在纤维素条件下的上调倍数显著高于乳糖,3个基因在RUTC30菌株中的转录水平则显示乳糖条件下上调幅度更大。7个糖苷水解酶基因也存在类似的情况,而且编码α-甘露糖苷酶和内切β-葡聚糖酶的8号、9号基因上调倍数在纤维素酶诱导条件下仅次于纤维素酶基因,而以甘油为碳源条件下,8号、9号基因上调倍数高于纤维素酶基因。4号基因在上述碳源条件下,转录水平变化不大。结果表明:4号基因可能是组成型表达。基因5、6、7、8、9、10的表达呈现明显的菌株和碳源依赖性,且在纤维素酶诱导条件下基本上是和3个纤维素酶基因共转录的。
【基金】福建省发改委产业化关键技术项目(闽发改投资[2009]958号)； 国家自然科学基金(No.30970073)； 973项目(No.2011CB707402)； 中国科学院重大专项(No.KSCX1-YW-11B3)；
【关键词】转录组测序; 纤维素酶; 实时荧光定量PCR; α-甘露糖苷酶;