蘑菇的药用价值可谓举不胜举：牛肝菌（Birkenporling）对于治疗胃病疗效显著；著名的草地伞菌（Wiesenchampignon）可抑制一种恶性组织肿瘤在全身的扩散；日本学者研究发现牡蛎菇（Austernpilz）的萃取液可以降低血液中的胆固醇含量；桂竹香菌（Lackporling） 可以改善睡眠质量，促进食欲，同时降低心脏肌肉对氧气的需求量； 落叶松菌（Larchenporling）的功效则与鼠尾草（Salbei）相似，它可以防治盗汗以及更年期妇女的头部充血等；另外，省沽油菌（Klapperschwamm）是欧洲菌种之一，却是通过它的日本名字舞茸菌（Maitake）才为人所熟知。研究证明它可以保护肝脏，降低血糖含量，同时抑制肝肺肿瘤生成。
木耳（Judasohr）生长于热带与亚热带地区，它的药用价值早在400多年前便已被载入了医书，它可以提高淋巴结细胞的功效，加快血液流动。那个时代的中国人亦将其作为重要的药材。不仅如此，木耳还可以刺激免疫系统，使免疫系统吞噬病菌细胞功能达到最佳状态。研究还发现，服用了木耳萃取液的支气管炎患者，其康复速度明显提高。
鸡腿菇（Schopftintling）系草菇属（Tintling），外形独特，生有蓬头和鳞片，菌柄上有环状物。它是为数不多的可种植菌种之一，亦是用途最广、功效最大的蘑菇之一：它属于中医的传统药方，可以降低血糖、治疗便秘和痔疮，枯死后甚至可用于制造墨水。蘑菇中的“明星”非香菇（Shiitake）莫属。它从亚洲传入西方，广受欢迎，不久欧洲各地便开始种植。它的气味与大蒜有些相似，但是美味无比，医药价值亦足可与后者相媲美。
香菇中含有麦角甾醇（Ergosterin），能够促进骨骼生长。日本学者的研究证实香菇还有防治龋齿的功效：只需食用五克风干后的香菇即可防止牙齿损伤。原因在于香菇可以阻止龋齿细菌生成糖原，而糖原会引入微生物。
早在十四世纪，中国医生便发现香菇具有治疗溃疡的功效。香菇多糖（Lentinan）能够延长胃癌和肠癌患者生命，它可以训练人类的免疫系统，使之提高对癌细胞的灵敏度，不放过任何漏网之鱼。所以日本允许将香菇多糖作为免疫药物使用。
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