平菇菌种的分离：(1)种菇的挑选用作组织分离或孢子分离的平菇种菇，必在抗逆性强的高产群体中挑选出菇早、菇形圆整、柄短、肉厚、大小适中、无病虫危害，五六成熟(内菌膜部分破裂)的菇体作为种菇。
由于第一潮、第二潮菇较能体现早熟性状，而且菌棒养分充足、菇体健壮，用其作孢子分离或组织分离，易得到具有本品种(菌株)特征的菌丝体纯培养物(菌种)。所以，应在第一潮、第二潮菇中挑选种菇。(2)组织分离步骤平菇可采用组织分离法获得菌种。
主要步骤如下：第一步，挑选出菇早、菇形圆整、肉厚、大小适中、无病虫危害、五六成熟(内菌膜部分破裂)的菇体作为种菇，采收后装入无菌纸袋内(忌用塑料袋)。
第二步，在无菌条件下，先用酒精棉球对菇体进行表面消毒，然后手持菌柄将菇体撕成两半，取手术刀并用火焰灭菌，待刀冷却后在菌盖、菌柄交界处挑取米粒般大小的菌肉1块，移植到事先配制并经过灭菌的马铃薯琼脂培养基斜面上培养。
第三步，在温度25℃、干燥、避光的条件下培养3~5天，可看到分离物表面长出白色绒毛状菌丝，呈星芒状在培养基上生长。培养期间，应每隔1~2天检查1次，随时淘汰霉菌或细菌污染的培养物。培养10~15天后，再做1次转管培养，即可得到平菇母种。然后经栽培试验，确认其可以正常出菇后方可用于菌种生产和栽培。组织分离物获得的菌种不能直接作为生产用种，这是因为生产用种会数以千万倍地繁殖，而分离物未经过群体一致性的检验和种性检验。即使其亲本是优良品种，但这个分离物自身是否完全保留了亲本的优良性状，在未做全面检验和测试之前，仍是一无所知的。
目前，对食用菌菌种的某些生产性状虽可进行室内的初步鉴定，但是，作为生产上应用种源，完全靠实验室内的实验技术进行鉴定和测试还是远远不够的，还应对于未知性状的培养物做出菇试验。组织分离物栽培中将会有何种表现，在做出菇试验前，从理论上预测其与亲本的差异不会很大。
从数学概率论上分析，组织分离物的综合性状和质量水平会有3种情况：一是与亲本相近，但不会完全相同；二是优于亲本；三是劣于亲本。从生产实践中认识到，组织分离的培养物需要有较大的数量作基础，才可能获得优于亲本的个体。如果只是随手做1~2个或几个组织分离，虽然可获得菌种，但是做出菇试验的结果多表现性状不及亲本。基于上述原因，组织分离得到的培养物，未经全面鉴定和测试，不能作为生产用菌种投入使用。
