吉林省农委成立由业务主管领导、大专院校科研人员、食用菌专家等人员组成的评选活动组委会，下设筹备组、检测组和专家评审组，人员互不交叉。由农业部参茸产品质量监督检验测试中心和吉林农业大学教育部食药用菌工程研究中心对黑木耳农药残留、重金属、营养成分及商品性状等方面进行检测，对检测样品综合打分排序。重金属、农药残留两项为主要评分指标，重金属主要检测砷、铅、镉、贡，农药残留主要检测多菌灵、吡虫啉、敌敌畏、毒死蜱、氧乐果、滴滴涕、六六六。经检测,所有的参选样品农药残留检测值都是零，这是黑木耳种植的重大成就。重金属方面，以高于国家食品质量安全标准的限值为评判阈值，取消超过此阈值的参选产品的排序资格。
作为吉林省黑木耳的获奖单位，组委会在重金属检测方面确定了更高的标准，以高于国家标准1倍以上作为入选条件。综合上述各方面的检测及鉴定结果，对各参选产品进行评分排序，16家黑木耳生产经营单位参选样品获得通过。
