【作者】徐伟南 黄蓉梅 刘媛媛 仝宗军 韩星 谢路昱 谢宝贵
【机构】福建农林大学园艺学院福建农林大学菌物研究中心新加坡国立大学计算机学院
摘要：采用二代和三代测序技术分别对金针菇单核体菌株"6-3"进行测序,应用4种组装策略进行基因组的denovo组装,对比组装效果。基因组组装的参数方面,仅使用二代测序组装的效果最差,长度大于10kb的Contig全长只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,组装率只有59.27%。采用三代组装二代校正的组装策略效果最好,长度大于10kb的Contig全长为38.3Mb,Contig N50为2.8Mb,组装率高达92.16%。保守单拷贝基因拼接效果方面,4种组装策略获得基因组序列与BUSCO数据库里的担子菌的保守单拷贝基因比对,基因完整性均大于94%。在组装准确性方面,经过PCR扩增、Sanger测序验证,三代组装二代校正的基因组序列完整并且连续,同时序列上碱基的SNP、InDel数量最少。综上所述,三代组装二代校正得到的基因组序列具有Contig N50值大、组装率高、碱基准确性高的特点,是食用菌基因组测序较为理想的方案。
基金：国家重点基础研究发展计划(2014CB138302)； 福建省木生型食用菌品种选育与产业化工程项目(fjzycxny2017010)~~；
关键词：de novo组装; 组装策略; 二代测序; 三代测序; 金针菇;
