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双孢蘑菇胞外分泌蛋白质组的功能预测及分析

来源:食用菌学报日期:2019-01-26 正文 610 字 · 阅读约 2 分钟267 阅读微博QQ空间复制链接
◆ 内容导读文献 · 第3期

【作者】刘旭影 阮心眉 程凡升 李文香 朱丹 【机构】青岛农业大学食品科学与工程学院 青岛农业大学生命科学学院 摘要:以双孢蘑菇(Agaricus bisporus)10448个蛋白为研究对象,综合利用信号肽分析软件SignalP 4.1、跨膜结构预测软件TMHMM v2.0、GPI锚定位点预测软件big-Pi Predictor以及亚细胞蛋白定位软件TargetP1.1等生物信息学软件,筛选双孢蘑菇胞外分泌蛋白质序列,使用分析软件BLAST2GO进行功能注释。筛选得到469... 关键词:双孢蘑菇胞外分泌蛋白质组的功能预测及分析、《食用菌学报》、2017年、第…

【作者】刘旭影 阮心眉 程凡升 李文香 朱丹
【机构】青岛农业大学食品科学与工程学院 青岛农业大学生命科学学院
摘要:以双孢蘑菇(Agaricus bisporus)10448个蛋白为研究对象,综合利用信号肽分析软件SignalP 4.1、跨膜结构预测软件TMHMM v2.0、GPI锚定位点预测软件big-Pi Predictor以及亚细胞蛋白定位软件TargetP1.1等生物信息学软件,筛选双孢蘑菇胞外分泌蛋白质序列,使用分析软件BLAST2GO进行功能注释。筛选得到469个胞外分泌蛋白质序列,统计发现编码这些蛋白质的开放阅读框(open reading frame,ORF)最长为4800bp,平均为1233bp。除去假定蛋白质,双孢蘑菇胞外分泌蛋白质的生物代谢途径主要有生物大分子代谢(22.2%)、碳水化合物代谢(17.4%)、脂质代谢(3.2%)、芳香化合物代谢(2.2%)等。同时,共发现133种酶类,其中包括糖苷水解酶(38.5%)、多铜氧化酶(7.4%)、肽酶(7.0%)、果胶裂解酶(4.0%)和羧酸酯酶(2.9%)等。 
基金:国家自然基金(31301438和31501331); 山东省优秀中青年科学家奖励基金(BS2013SW034); 山东省现代农业产业技术体系食用菌创新团队建设专项基金(SDAIT-07-07)资助;
关键词:双孢蘑菇; 胞外蛋白; 生物信息学; 功能注释; 酶学分类;
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