我国食用菌产业已进入快速发展阶段。随着工业化、产业化的逐步升级，各生产区的食用菌市场竞争将会空前激烈，正如我国食用菌著名专家黄毅教授所预料的那样，食用菌暴力时代即将终结，逐步转于合理利润分配阶段。今后的路怎么走？行业界众说纷纷，一些专家和 商家在总结国内外成功的经验后认为，开拓市场，实施食用菌的深加工是一条重要途径。
但目前我国食用菌投放市场一般以冷藏鲜菇，鲜菇，盐渍，干冷冻，干制为主，深加工很少。初加工的还有罐头、干制品等。但附加值都不高。目前我们国内的研究不但盲目跟从国外的，而且重复性相当大。我觉得大部分意义不大。
实施食用菌深加工有其非常重要的意义：一、保鲜贮藏，有利于延缓产品销售期。鲜菇商品形状完好由于其自身的自熟现象难以蕴藏，从采收到投放市场保鲜时间很短，如果不经过保鲜处理或冷藏，短时间内蘑菇就会老化开伞，菌褶就会变黑，影响产品的品质。如果在鲜卖的同时，将多余的食用菌经过保鲜处理，通过初加工成干品，深加工成罐头、菇肉松、汤料等系列产品，则不但保持其新鲜、色香味的原汁原味风格，而且能使人们一年四季都可以品尝到食用菌鲜美的独特风味。二、综合开发，有利于增加产品的附加值。当今，国内外一些生产企业除了开发生产出香菇罐头、香菇蜜饯、香菇饮料、香菇快餐等系列食品外，还研究开发出香菇多糖胶囊、香菇口服液、银耳多糖、猴头菇多糖等医药保健品。从而拓展了食用菌的实用价值，使过去单一的初加工干品转变成高品位高效益的系列产品。三、形成品牌，有利于占领国际市场。
深加工是食用菌产业化的根本出路，在提高了商品的附加质同时，保持了菇体的营养价值和蕴藏时间．食用菌的深加工应该分为食药用.药用两种，药用需要医药界的科研开发，食药用需要相关企业或个人开发研究。
现在市场上的精美包装干制品，只是干制意义上的包装产品，干制分为自然风干和机干两种，自然风干适用于老百姓少量制作，机干一般运用于企业或大面积栽培者，干制蕴藏时间长，并保留了蘑菇中的所有营养成分，由于改变了蘑菇的商品形状使消费者在直观上难以分辨“不改变商品形状干制费时又费工”，市场价位因为增加了程序有点偏高，所以消费人群较鲜菇少。
盐渍蘑菇保证了菇体的商品形状,虽然蕴藏时间较长，工序又简单实用，但是由于盐渍时破坏了蘑菇的部分营养成分，同时食盐在盐渍后又会产生亚硝酸盐致癌物质，所以盐渍蘑菇最终会被市场淘汰。
深加工是把干制品或鲜品加工成方便食品，如开水泡服的＂蘑菇汤＂［现在市场有售］，蘑菇酱，膨化蘑菇等可以借鉴超市方便食品的制作思路发展自己的品牌．目前国内应用较多的还是溶剂(热水、乙醇)提取、高速离心喷雾干燥等技术，一些新技术的应用尚属起步阶段；而在日本等先进国家，超声速气流超微粉碎技术、超临界流体萃取及真空冷冻干燥等高新技术在的应用已较普遍；此外，中国香港特区正着手建设现代化的中药港，台湾省也在实施中药现代化加工的产业创新计划。在功能评估方面，目前国内还处于起步阶段，多数加工产品的研制开发过程缺乏科学依据的指导；而在国际上，如日本等国利用先进的提取、分离和成分分析技术，可以准确测定原料或成品的功能性有效成分，并筛选高含有效成分的特殊品种进行栽培和做为保健品或药品的加工原料。如果我们将各种鲜品食用菌应用生物化学和食品营养学原理，研究袋装早餐菜，即食腌制罐头，膨化蘑菇，食用菌酒类，食用菌调味素等食用菌食品，保留了鲜菇鲜香嫩脆的特色，风味独特、不含任何防腐剂、保质期等，改变传统脱水干菇产销形式，将会大大提高了食用菌的附加值。
笔者综合国内食用菌深加工的思路，认为食用菌还可以向更广阔的领域进军。1.功能食品类：食用菌具有独特的营养和保健作用,可以开发其功能性食品,如防治贫血,冠心病,气管炎,神经衰弱,糖尿病等,都有相应的食用菌作为特效原料,加工成不同剂型的功能性食品2.美容制品类：利用食用菌减肥,消脂,轻身的功能和特殊的成分,可制成各种类型的美容制品(包括内服和外用),如银耳珍珠霜,灵芝茶,银耳露等。3. 药用食用原料类：从食用菌中提取有关成分,作为药品或食品的原料,目前应用最多的是多糖类,如香茹多糖,灵芝多糖,猴头多糖等。4.农药制品类：可从食用菌中提取有关激素, 生长素,制成作物增产素;还可以从食用菌中提取抗病毒物质,防治植物病毒病。
笔者建议在食用菌深加工方面，要加大产品科技含量，开发品质优良的系列新产品，以满足国内外市场不同的消费需求。另外必须加强技术攻关，利用先进设备和生产技术，按照国际卫生质量标准开展生产，严格检查监测工作，使我国更多优质品牌的食用菌深加工产品打入国内外市场。