一、蒸馏水法。适用于平菇、金针菇、香菇的苗种。保藏平菇、金针菇菌种，先将八成熟待保藏试管菌种移入接种箱内灭菌后，用注射器从试管栓内注入蒸馏水，将培养基面全部淹没至管口2厘米为止。管口用矿蜡封闭，常温下置于阴凉立放可以保藏1~1.5年。
保藏香菇、木耳菌种，用150毫米×15毫米的指型管将培养至七分熟的固体或半固体试管种在接种箱内无菌操作下，放入25毫米×200毫米的大试管内，向大试管内注入蒸馏水至管口1厘米处，封口用橡皮栓包好，并用矿蜡加固密封，置于阴凉处。木耳可保藏7~8个月，香菇可保藏9~12个月。
二、尿素暂存法。在避光、干燥通风良好的放置袋装尿素，将试管菌种主体埋在尿素颗粒中，试管口露在外面，可保藏菌种活力30天之多。此法在恒定低温环境下即可进行。
三、液体石蜡包藏法。选用化学液体石蜡，高压灭菌后放入40℃恒温箱中数小时或干燥中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右，管口塞上棉塞并用石蜡封好。直立保藏在清洁、干燥、凉爽的低温处可以保藏5年。
四、麸皮保藏法。取一定麸皮加水或营养液后拌匀即可备用。将水麸皮装入试管经高温灭菌后拌入菌种，放在适温下培养，待菌丝体发育好后将试管放入室温下进行干燥，然后在20℃以下干燥出保藏，可保藏3~5年。
五、生理盐水保藏法。将菌种接入马铃薯培养液中，每250ml三角瓶装60ml培养液，振动培养液或每天摇动5~10次，培养5~7天，然后将形成的菌丝球吸入装入5ml无菌盐水的试管中，每管约移入4~5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好管口。低温可保藏1年。
六、麦粒保藏法。取优质小麦淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍晾干后装管。装入量以管长的1/4到1/3为宜。将装有麦粒的试管灭菌后趁热摇散，冷却后接入菌丝体，在适温下培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时，终止培养。菌种可置于25℃以下干燥处保藏1~2年。
七、冰箱保藏法。将已经长好的试管菌种放于冰箱内，置于保鲜层能保存7个月。菌种不退化。
