只要品种优良、母种生长良好、培养基适宜、灭菌彻底、接种操作规范、培养条件适合，那么就能够生产出优良的原种或栽培种。然而在生产实践中，却常出现这样或那样的问题，影响菌种质量及生产计划。
接种后萌发不正常
主要表现为两种情况：一是不萌发或萌发缓慢；二是萌发出的菌丝纤细无力，扩展缓慢。分析的思路应为，培养温度→培养基含水量→培养基原料质量→灭菌规程及效果→母种。对于接种物不萌发，或萌发缓慢，或扩展缓慢来说，这几个方面的因素必有其一，甚至可能是多因子共同影响。
1.培养温度过高：造成接种物不萌发、萌发迟缓、生长迟缓。
2.含水量过低或过高：尽管拌料时加水量充足，但由于拌料不均匀，造成培养基含水量的差异，含水量过低的菌种瓶(袋)接种物常干枯而死。培养基含水量过高则造成萌发后的菌丝蔓延艰难。
3.培养基原料霉变：正处霉变期的原料中有大量有害物质，有些物质耐热性强，高温下不易分解变性，甚至在高压、高温灭菌后仍保留其毒性，接种后，菌种不萌发。
4.灭菌不彻底：导致培养基中残留和继续繁殖增加的是细菌，而不是真菌。多数情况下无肉眼可见的菌落。有时在含水量过大的瓶(袋)壁上，或在培养基的颗粒间，可见到灰白色的菌膜。这一原因可通过分离培养得到证实。
5.种菌龄过长：应使用菌龄适当的母种，多种食用菌母种使用最佳菌龄是在长满斜面后1—5天。在计划周密的情况下，母种和原种生产的紧密衔接是完全可行的。若母种长满斜面后1星期内不使用，要及早置于4－6℃下保存。
发菌不好
发菌不好的表现多种多样，常见的有生长缓慢，生长过快但菌丝纤细稀疏，生长不均匀，菌丝不饱满，色泽灰暗等。造成发菌不良的原因主要有：
1.培养基酸碱度不适：可将发菌不良的菌种瓶(袋)的培养基挖出，用pH试纸测试。
2.原料中混有毒害物质：如松、杉、柏、樟等树种的木屑；原料霉变，产生霉菌毒素。
3.灭菌不彻底：培养基中生长有肉眼看不见的细菌等。
4.装料过紧：水分过少，透气性差。
5.培养室温度或湿度过高：空气流通交换不够。
6.培养基含水量过大，装得过紧：这种情况下，往往长至瓶(袋)中下部后，菌丝生长变缓，甚至不再继续生长。
