1、线虫
栽培草菇期间，偶有大量针头菇死亡的问题，其原因之一是线虫的危害。巴氏消毒不彻底时将发生大量的线虫。堆料时水份过高，发酵过程达不到足够的温度，堆料会腐烂。即使后来用了蒸汽，堆料也达不到巴氏消毒的目的。过高的水分使料床中心温度达不到足够杀死线虫的温度(50℃)，因而使其中的线虫在巴氏消毒过程中残存下来，之后进行接种，料温逐渐下降。因为线虫繁殖的温度正好与子实体形成的温度(28—32℃)一致所以造成菇料中大量的线虫滋生。线虫会吃草菇菌丝，当针头菇下面的菌丝被线虫噬掉后，菇体便失去营养和水分的供应而死亡。线虫抗不适宜的温度湿度条件。菇房、生产工具、栽培料及堆料场所均可成为线虫的潜伏地点而造成以后对菇床的侵染。然而活跃期的线虫不能在50℃高温下生存下来。了解了线虫的传播方式及其致死温度后，可采用下列办法进行防治：
（1）堆肥时要严格控制含水量在60—70％范围内。这样的含水量可使拌料时人为脚踏而生成的团块大大减少。
（2）料上床之后不要立即给蒸汽，要等待至少10—12小时。其理由是要保持室温低于床温，料中心部位的线虫将爬到温度相对低的料面上来，当这时再给蒸汽时，线虫就很容易致死。
如果不按上述程序操作，料上床后马上通蒸汽。则导致料表面温度高于料中心温度使线虫钻到料中心部位的干料团块中躲避高温而残存下来。当料温降低并接种后，线虫再度繁衍而严重危害菇床。
2、竞争性真菌----鬼伞
在生物界，种间的生存竞争是普遍现象。在草菇栽培实践中菇场被另外的杂菌品种污染是常见的事。1978年印尼的一个菇场的菇农没将头茬废料清除，而是补充一些尿素，他认为这样处理将增加第二茬草菇产量，结果是产生了一茬鬼伞，竞未收一只草菇，草菇有好几种竞争性真菌，但鬼伞是最常见的一种，鬼伞的生活周期比草菇短，仅一个星期即可，而草菇需要9—10天。因而在栽培草菇时，鬼伞的竞争性很强。鬼伞形成子实体后，很快开伞，过夜后即自溶如墨汁并释放出孢子。由于鬼伞的腐烂，菇房气味难闻。这之后常污染绿色木霉。
草菇和鬼伞具有同样的适温性，同样降解纤维素、半纤维素、可溶性淀粉、葡萄糖和其它糖类做碳源。它们所需要的氮源也一样，但利用率两者互有不同。鬼伞需要更高的氮浓度，大致比草菇高4倍。因此氮含量高的培养料更适于鬼伞生长。两种菌所需要的 pH值不同，但草菇生长的 pH包括了鬼伞生长适宜的 pH，前者的最适pH为7，后者为5。根据上述两种菇菌的特性，菇农必须掌握更适于草菇菌丝生长的条件，同时不利于或抑制鬼伞这种竞争性真菌的生长。下述建议可供栽培草菇时借签：
(1)在拌料时，要根据草菇菌丝生长的需要调整 C/ N比，约为40：1—50：1。如果加入氮源(尿素、氮肥)，也要在堆料时拌入。目的是通过发酵使氨态氮被堆料中的微生物吸收利用，防止以氨气的形式流失。
(2)拌料是要维持60--70％的含水量，以保证高温发酵得到高质量的堆料。如果太湿，会造成腐烂和pH降低，进而促生鬼伞。
