迄今为止人工栽培真菌几乎全部是腐生型种类，腐生类型约占大型真菌的30%以上。根据腐生真菌生长基质的不同可分为3个类群：①木生类群。以倒木、树桩、木材和立木为基质，主要有侧耳属、香菇属、木耳属、银耳属、猴头属、鳞伞属以及田头菇属和多孔菌目的绝大多数种；②土生类群。包括以土壤和地表浅层腐殖质层为基质的种类（不含菌根菌），如羊肚菌属、竹荪属、香蘑属、小包脚菇属、蘑菇属和田头菇属的一些种；③粪生类群。以粪便、厩肥、腐烂草堆等有机废料或垃圾为生长基质的种类。鬼伞属、蘑菇属、田头菇属以及有毒的斑褶菇属和裸盖伞属属于此类型。
共生类型（菌根真菌）和寄生类型（虫生真菌等）可以实施半人工栽培。结合植树造林，人工促繁增产，如松茸群和虫草属等。
