羊肚菌从播种到采收一般处在一年中最寒冷的季节（虽有反季节栽培，但不具普遍性），在这一时节内，羊肚菌所受病虫害威胁较其他食用菌轻，但并非没有。小编在此整理羊肚菌常见病虫害及防控措施，供大家参考。
软体动物：包括蜗牛和蛞蝓等，其多生长在阴暗潮湿的草丛、落叶内或石块下，昼伏夜出，嚼食羊肚菌子囊果，危害严重。此类害虫的防控可以通过人工捕杀，加以清除。蛞蝓的防控还可以用药剂进行防治：豆饼或炒香棉籽饼与敌百虫按 10:1 的比例制成毒饵，每 668 平方米施用 4 kg～5 kg，于傍晚施撒，诱杀。
白蚁：多发生在播种环节，白蚁直接啃食菌种，造成严重损失。白蚁危害多发生在林地、腐殖质落叶丰富的不动土田地，可以通过播种前暴晒田地进行防控。另外对新开垦的田地，在播种前，每 668平方米按照 50 kg～75 kg 生石灰投放，可有效地减少白蚁侵害。当发现白蚁危害时，用48%乐斯本乳油 1 000～1 500 倍液喷淋防控。
老鼠：老鼠嚼食菌种和幼菇，可通过常规捕鼠或灭鼠手段防控。
跳虫：羊肚菌栽培生产中，特别是当土壤内含糖分废弃物如玉米杆或土壤农业废弃物较肥沃使时极易爆发跳虫危害，跳虫会在土壤缝隙内活动，嚼食羊肚菌菌丝；也会钻进外源营养袋中，在袋子内繁衍生息，造成菌丝破坏和营养流失。春季温暖湿润季节，大规模的跳虫也会嚼食子囊果，被咬食过的子囊果部位发育受阻，导致容易招致其他病害的发生。防控方法：1.播种前一月左右，对田地进行翻耕，并按照每亩地100－150斤的生石灰使用量进行施撒，翻耕后经过暴晒，可有效的减少跳虫的危害；2.清除掉田间的农业废弃料，特别是玉米秸秆等含糖量丰富的杂物，减少滋生营养源；3.轮换作业，水稻田的灌水作业也可以有效的杀灭跳虫及虫卵；4.跳虫严重的田地，可根据跳虫的喜水习性，在发生跳虫的地方用用小盆盛清水，待跳虫跳于水中后再换水继续用水诱杀，连续几次，将会大大减少虫口密度。
螨虫：螨虫个体非常小，大小只有1-2mm，数量巨大。主要危害菌丝体，也咬食子实体。当螨虫大量发生时，可以使用杀螨剂处理畦面。
草害：杂草、苔藓等植物大量发生的田块，羊肚菌的产量一般不会很高。播种后可用黑色、白色薄膜覆盖畦面，可以有效控制杂草发生。同时，还可适当通风处理，降低土壤湿度。
真菌病害：羊肚菌子囊果发生季节，如遇高温高湿天气，很容易爆发霉菌病害。若防控不当，将造成大面积爆发，损失严重。病害特征：子囊果表面发霉，白色气生菌丝旺盛，致使菇体腐烂、死亡或畸形，严重影响品质。研究表明，羊肚菌子囊果内存在着包括镰刀菌 （Fusarium sp. ）在内的大量内生真菌。环境适宜的时候，这些内生真菌极有可能爆发造成危害。除此之外，目前没有关于羊肚菌真菌感染或病害的研究报道，也未有确切防治办法，谨以防控为主：一是播种前田地进行 1周以上的暴晒可有效地防治霉菌病害的发生；二是避免出菇时节长时间高温高湿，以加强通风、降湿、降温来防控病害发生；三是在播种补料环节，如遇高温，菇床会有不同程度的霉菌发生，可以就地喷洒生石灰并掩埋；四是镰刀菌使用克霉灵或硫酸铜进行防控。
细菌性病害：细菌病害多发生在出菇环节，如真菌病害一样，常伴随着高温高湿天气爆发，表现为菌柄变红、腐烂、发臭。细菌病害防控防治办法同真菌病害，以预防为主。
以上防治方法综合整理于：
王 震 王春弘 蔡英丽 王全江 李方方 刘 伟 《羊肚菌人工栽培技术》
刘伟、张亚、何培新 编著《羊肚菌生物学与栽培技术》
贺新生 编著 《羊肚菌生物学基础、菌种分离制作与高产栽培技术》
罗信昌 秦大海 杨绳桃 秦京 编著 《羊肚菌有机栽培技术及烹饪食谱》
