有机食品、绿色食品、无公害食品都是安全食品，安全是这三类食品突出的共性，它们从种植、收获、加工生产、贮存及运输过程中都采用了无污染的工艺技术，实行了从土地到餐桌的全程质量控制，保证了食品的安全性。但是，他们又有不同点。
（一）标准不同
就有机食品而言，不同的国家，不同的认证机构，其标准不尽相同。在我国，国家环境保护总局有机食品发展中心制定了有机产品的认证标准。2000年12月美国公布了有机食品全国统一的新标准，日本在2001年4月公布了有机食品法（JAS法），欧洲国家使用欧盟统一标准ESS NOq2092/91及其修正方案和1804/99有机农业条例。
我国的绿色食品标准是由中国绿色食品中心组织指定的统一标准，其标准分为A级和AA级。A级的标准是参照发达国家食品卫生标准和联合国食品法典委员会（CAC）的标准制定的，AA级的标准是根据IFOAM有机食品的基本原则，参照有关国家有机食品认证机构的标准，再结合我国的实际情况而制定的。
无公害食品在我国是指产地环境、生产过程和最终产品符合无公害食品的标准和规范。这类产品中允许限量、限品种、限时间的使用人工合成化学农药、兽药、鱼药、肥料、饲料添加剂等。
（二）标志不同
有机食品标志在不同国家和不同认证机构是不同的。在我国，国家环境保护总局有机食品发展中心在国家工商局注册了有机食品标志，中国农业科学研究学院茶叶研究所亦制定了有机茶的标志。2001年国际有机农业运动联合会（IFOAM）的成员拥有有机食品标志380多个
绿色食品的标志在我国是统一的，也是唯一的，它是由中国绿色食品发展中心制定，并在国家工商局注册的质量人证商标。中国绿色食品的标志由三个部分组成，即上方是太阳，下方是叶片，中心是蓓蕾，正圆形，意为保护。
无公害食品的标志在我国由于认证机构不同而不同，山西、湖南、黑龙江、天津、广东、江苏、湖北等省市先后分别制定了各自的无公害农产品标志，其中湖北省绿色食品管理办公室拥有的无公害食品标志已在国家工商局注册。
（三）级别不同
有机食品无级别之分，有机食品在生产过程中不允许事业任何人工合成的化学物质，而且需要3年的过度期，过度期生产的产品为“转化期”产品。
绿色食品A级和AA级两个等次。A级绿色食品产地环境质量要求评价项目的综合污染指数不超过1，在生产加工过程中，允许限量、限品种、限时间的使用安全的人工合成农药、兽药、鱼药、肥料、饲料及食品添加剂。AA级绿色食品产地环境质量要求评价项目的单项污染指数不得超过1，生产过程中不得使用任何人工合成的化学物质，且产品需要3年的过度期。
无公害食品不分级，在生产过程中允许使用限品种、限数量、限时间的安全的人工合成化学物质。
（四）认证机构不同
有机产品的认证由国家认监委批准、认可的认证机构进行，有中绿华夏、南京国环、五岳华夏、杭州万泰等26家机构。另外亦有一些国外有机食品认证机构在我国发展有机食品的认证工作，如德国的BCS。
绿色食品的认证机构在我国惟一一家是中国绿色食品发展中心，该中心负责全国绿色食品的统一认证和最终审批。
（五）认证方法不同
在我国，有机食品和AA级绿色食品的认证实行检察员制度，在认证方法上是以实地检查认证为主，检测认证为辅，有机食品的认证重点是农事操作的真实记录和生产资料购买及应用记录等。A级绿色食品和无公害食品的认证是以检查认证和检测认证并重的原则，同时强调从土地到餐桌的全程控制，在环境技术条件的评价方法上，采用了调查评价与检测认证相结合的方式。
无公害食品是国家农业行政主管部门，针对当前农产品污染和食品质量安全问题在2001年提出的新概念，是指产地环境、生产过程、最终产品质量符合无公害农产品的标准，并使用无公害农产品标志的农产品。
无公害食品是把有毒有害物质控制在一定的范围内，主要强调安全性，是最基本的市场准入标准，是以大众化消费为主，而绿色食品，有机食品在强调安全周期，还强调优质营养，它有着特定的消费群体。
