然而，经几年的发展发现土窑洞栽培双孢菇仍存在如下问题：
1、U型土窑洞菇房温度较恒定，不利于双孢菇发菌期21 ℃~23 ℃的温度的需求；
2、通风条件差，尤其是U型窑洞拐角处空气流通更加不畅，抑制子实体的生长；
3、U型土窑洞菇房容易返潮，栽培中喷水管理难以掌握。
4、U型土窑洞连续栽培2~3年后杂菌滋生发生严重，旧U型土窑洞难以消毒处理，影响产量严重时甚至绝收。
5、U型土窑洞菇房易坍塌，存在一定的安全隐患。
同时，由于移民开发工程的完成，我县产生了大量的闲置民房。目前，汾西县农村的闲置民房有万余间。对闲置民房升级改造，进行双孢菇栽培，可变废为宝，充分利用闲置资源，将给汾西县带来可观的经济效益。
2013年，在省科技厅强大引擎驱动下，市局的积极引领下，县委、县政府的战略推动下，县科技中心的强力支撑下，汾西县御食康食用菌基地确立双孢菇工厂化生产为公司的主要产业，引进先进技术，进行双孢菇工厂化生产基地建设，此项目将菇农的技术难关前移到龙头公司，降低菇农的投入与风险、大大降低了劳动成本，且缩短了菇农栽培双孢菇的栽培周期，提高了栽培场地利用率，双孢菇产品品质优且质量稳定。2013年底，现代化双孢菇培养料基地已建设完成，现已进入试生产阶段。
专家组结合汾西县实际，整合全部资源，经过考察研究讨论，以省食用菌产业链为契机、以特色菇房为突破口，对该县食用菌产业发展做出初步规划，推进我县食用菌产业，朝着现代化、专业化、产业化、特色化迈进，实现“家家有菇房，人人有收入”县域经济，并带动全省乃至全华北地区的食用菌现代化、特色化发展。在农业强县的战略蓝图上留下浓重一笔，为全省食用菌产业化发展做出积极贡献。
