近年来，北京食用菌产业发展较快，2009年北京食用菌总产量达到14万吨，创年度产值9.8亿元，主要分布在房山、通州、大兴、顺义、怀柔等郊区县，食用菌产业已成为北京农业的一项重要产业，在北京食用菌产业发展中，北京市农林科学院发挥了重要作用。
北京市农林科学院利用杂交育种等技术先后选育出二十余个食用菌优良新品种，如北京大木耳，香菇934、937、867，金针菇9309、金白一号，北京猴头菌1号，平菇小白玉、黑平1号、2号、红平菇，白灵菇10号、12号，杏鲍菇9号、13号、14号、16号、17号，草菇-农，茶树菇-农，鸡腿菇-农，秀珍菇-农，鲍鱼菇-农，长根菇-农，大杯伞-农等，其中杏鲍菇14、16、17号获国家发明专利授权。
研发出多种食用菌栽培新技术，如：白灵菇和杏鲍菇关键栽培技术，高档食用菌周年栽培技术，林地食用菌栽培技术，食用菌反季节栽培技术，利用废弃矿道栽培食用菌技术等，这些优良品种及技术推广到北京房山、通州、顺义等郊区县及周边地区，累计推广面积达5万亩，创造经济效益10亿元，同时使北京食用菌良种覆盖率由1987年的40%提高到目前的90%以上。
针对北京地区高档菇较少这一突出问题，经过三年试验攻关，选育出白灵菇和杏鲍菇优良品种，并研发出白灵菇和杏鲍菇关键栽培技术，突破了白灵菇只出一潮菇的难题，使白灵菇和杏鲍菇产量增加近40%，每亩增加收入0.6万元，累计推广面积1.5万余亩，创造经济效益4.5亿元，此项技术获北京市科学技术二等奖。
针对郊区林农短期效益和造林长期效益之间的矛盾，通过试验攻关，选育出适合林地栽培的食用菌优良品种，并研发出林地食用菌高产栽培技术，在通州永乐店，房山琉璃河、蒲洼，顺义杨镇等地累计示范推广2万余亩，创造经济效益4亿元。林地食用菌栽培技术获北京市农业技术推广二等奖。
