与传统农业种植食用菌相比，工厂化食用菌生产具有解决食品安全问题、节约土地资源和劳动力资源等优势，真正体现循环经济概念。
工厂化模式所需的土地面积不到传统模式的1%，劳动力只占传统模式用量的2%，工厂化生产的效率比传统模式高出约40倍，单层设计的厂房每亩产值超过100万元，多层设计的厂房每亩产值达到400万～500万元，使土地产出率提高了近百倍。食用菌工厂化生产的栽培原料主要是棉籽壳、玉米芯(玉米秸秆)、甘蔗渣、木糠、米糠、麦皮等多种农作物下脚料，食用菌采收后，培养基又可作为绿色有机肥还田，能实现资源的有效循环利用。
“食用菌工厂化生产行业是一个细节决定成败的行业。” 上海蔬菜行业协会会长单位也是工厂化食用菌国内龙头企业的上海高榕食品有限公司相关负责人介绍说，菌种培育、生产工艺、环境控制、污染防治等过程，都需要较高的技术和丰富的经验，存在较高的技术壁垒。例如，每种食用菌都对生长环境有特定要求，温度、光照、湿度、氧气、二氧化碳含量等环境因子对食用菌的生长尤为重要，在不同地域、不同季节需要采取不同的环境控制技术，选择合适的菌种，并进行科学栽培，才能生产出高产、优质的食用菌。
据了解，目前，工厂化食用菌龙头企业在生物学转化率上已可达130%左右，杂菌污染率可控制在0.01%水平，单产达到380克左右。
