食用菌是可供人类食用的大型真菌,在中国具有悠久的食用和栽培历史；目前国际市场对食用菌的需求正不断上升，近几年食用菌每年的产值达250-280亿元，食用菌产业被认为是21世纪的朝阳产业。
我国是许多食用菌的发源地，在国际食用菌生产中占据相当重要的地位，目前中国报道的食用菌有720多种。2004年中国食用菌产量达到1160万吨，产量占世界总产量的70%。出口量占全球食用菌贸易量的40%，据海关统计，2004年我国出口食用菌58万吨，创汇额9亿美元。食用菌已经成为农民创收、发展农村经济，建设社会主义新农村的重要产业；食用菌产业对丰富人民物质生活水平，提高人类健康具有重要意义。
虽然我国是食用菌生产大国和出口大国，但食用菌的专利保护问题却长期未得到应有的重视，食用菌企业和科研机构知识产权保护不足的问题已成为制约我国食用菌产业发展的关键问题。长期以来，食用菌科研机构研究开发的新品种和新工艺不经专利保护就进入了生产领域，由于食用菌菌种及其生产工艺的可复制性，科技成果一经投入就遍地开花，科研机构无法实现科技成果的合理收益，导致我国食用菌科研机构严重萎缩，食用菌科研开发工作停滞不前；由于国内食用菌企业自身科技开发能力不足，又缺乏科研机构的技术支持，从而导致国内食用菌产业自主知识产权技术和品牌严重缺乏，，我国食用菌产业的发展也在低水平徘徊，食用菌产业的可持续发展难以为继。
我国食用菌产业在国内缺乏知识产权保护的同时，在国外的知识产权保护更是一片空白；由于国外知识产权保护的缺位，近年来我国食用菌出口频繁遭遇日本的食用菌专利保护壁垒；日本于2004年日本开始实施《种苗法修正案》，该法案规定：未经缴纳专利费，擅自利用日本植物种源生产或改良的农产品的，个人侵权者会被处以300万日元以下的罚金或３年以下有期徒刑；法人企业侵权的，可最高处以１亿日元的罚金。据悉，截至2002年底，日本已经公布实施保护的食用菌有22类，通过注册保护的品种有145个。基于上述因素，所有利用日本种源的产品都要被加收专利费，食用菌出口日本将受到严重冲击。此外美国和西欧国家也分别通过了保护食用菌在内的专利制度。这些规定将极大的影响我国食用菌产品的出口创汇，不利于我国食用菌产业的健康发展。
我国食用菌的知识产权保护目前仍存在植物新品种和专利保护两个体系。目前我国农业部对食用菌菌种管理仍采用的“食用菌菌种管理办法”，对食用菌依照植物新品种保护条例实施保护，然而到目前为止，我国保护的食用菌新品种只有阿魏侧耳一种。但从分类学角度出发，食用菌属于微生物中的真菌，不属于植物品种，国家专利局应对食用菌从微生物菌种角度来保护。
随着分子生物学技术的发展，rDNA测序技术已经可以实现食用菌种源的分类鉴定，国内已经开展了冬虫夏草真菌的分子生物鉴定工作并取得了良好结果。因此依托合理的技术策略完全可以实现食用菌种源的知识产权法律保护，这对于发展具有自主知识产权的我国食用菌产业发展具有非常重要的现实意义。
