一、细菌性褐斑病 又称细菌性斑点病、锈斑病。主要危害双孢蘑菇和平菇。
1、病症 病菌只侵染子实体的表面组织，不危害菌肉。被感染后，菌盖表面出现小的圆形或椭圆形褐色（铁锈色）凹陷斑，在潮湿条件下，病斑表面有一薄层菌脓，发出臭味，当斑点干燥后，菌盖开裂，形成不对称的子实体。菌柄上偶尔也发生纵向凹陷斑块，但菌褶很少被感染。病菇形态变化不大，也不会引起腐烂。
2、病因 病原菌为托拉斯假单胞杆菌。此菌在自然界分布极广，培养料、覆土材料以及不洁的水中均有，在15℃以上、空气相对湿度大于85％时，病菌非常活跃，通过人体、气流、虫类和工具等渠道广泛传播。常在春菇后期，逢高温高湿、通风不良，特别是菌盖表面有水膜时极易发生。
3、防治措施
⑴菇棚、床架、用具等要用2%的漂白粉彻底消毒，尤其原来发病较重的菇棚更应彻底消毒；同时，菇房应安装纱门、纱窗防虫。
⑵培养料和覆土材料应按要求进行发酵或消毒。
⑶使用清洁水源，喷水后加强通风，降温降湿，避免菌盖表面长时间存有水膜。
⑷发现病菇及时摘除，并在料面撒一层石灰粉，或用每毫升含100～200单位的农用链霉素或600倍的漂白粉液每两天喷一次；发病较重时，先清理料面或覆土后再喷药。 二、干腐病 干腐病又叫干僵病，主要危害双孢蘑菇。
1、病症 发病的子实体畸形，菌柄基部稍膨大，菌盖歪斜，呈苍褐色，生长缓慢或停滞；病菇不腐烂，而是逐渐萎缩、干枯僵硬。
2、病因 病原菌是一种假单胞杆菌。一般认为病原菌是沿着蘑菇菌丝传播的，同时，土壤、气流、水滴、人体、害虫和工具都可传播此病菌。干腐病多在秋菇上发生，在潮湿的菌块上发生严重。
3、防治措施 发病后采取隔离措施，防止病区与无病区之间菌丝的连接，病区内喷淋2%漂白粉液后用薄膜盖严，防止传播；其余可参照细菌性褐斑病的防治。
三、金针菇褐腐病
1、病症 子实体感病后，在菌盖、菌柄上形成不定形的褐色斑点，然后腐烂。有时很多病斑连成片，包括菌柄均变为黑褐色，质软，不能直立，有黏液，最后整丛菇变褐腐烂。
2、病因 病原菌为欧文氏杆菌。金针菇不同品种间的抗病性差异较大，当温度超过18℃，湿度较大，通风不良，特别是子实体表面处于水湿状态时易发病，蔓延快。
3、防治措施 选用抗病品种；其余可参照细菌性褐斑病的防治。
