灵芝菌种的生产是整个灵芝生产过程中的首要关键，菌种质量的好坏直接关系到灵芝的产量和品质。纯种的生产与制备，其操作技术并不很难，但整个过程中必须十分注意杂菌及其他微生物的污染，一旦菌种感染杂菌，会影响整批灵芝的栽培，往往造成很大的经济损失。因此必须从各方面对杂菌进行预防与控制，以利于提高灵芝菌种的正品率。
一、灵芝茵种感染杂茵的原因分析
(一) 拌料时可能发生杂菌污染 如培养料不新鲜、水湿度不当，或拌料不均匀，都易发生杂菌。
(二) 灭菌不彻底引起杂菌污染 如灭菌时间不够，灭菌温度不够，或灭菌过程中透气不良，均可造成灭菌失败，而感染杂菌。
(三) 接种时没有严格无菌操作而引起杂菌污染 如接种工具消毒不严，接种过程动作太慢均易引起杂菌感染。
(四) 菌种培养过程中发生杂菌污染 菌种培养时没有注意温度、湿度、光线、氧气等环境因素，而引发杂菌侵染。
(五) 接种用的菌种可能本身带杂而引发污染。
二、灵芝茵种杂菌的控制措施
(一)精心拌料
1．首先应选择新鲜、无霉变、未经雨水淋湿的木屑或棉壳作原材料，且进行合理的配方。
2．灵活掌握调水，如果培养料基质偏干，颗粒偏细，酸性强，水分调节应偏多，否则就调水少；晴天水分蒸发快，则调水多，雨天应调水少；夏天调水多，冬天可调水少些。
3．拌料力求均匀，主料与辅料混合均匀，干湿搅拌要均匀，ph值均匀。
4．操作力求快速，灵芝制种一般在高温季节，如果拌料时间过长，培养料易发酸，养分易受到破坏，因此宜尽量快速操作。
5．动作力求轻便，在地面堆放时最好垫一层麻袋，以防擦破菌袋。
(二)严格进行灭菌
1．常压灭菌时，温度上升力求快速，达100℃时再维持8-10小时。
2．高压灭菌时，冷气要排尽，压力上升到1.5公斤每平方厘米时要保持2-3小时。
3．灭菌过程中不能随意添加冷水，以免温度突然下降。
4．灭菌好后，菌瓶(袋)不能马上出锅，须在锅内闷几个小时再出锅，如能闷上一夜则灭菌效果更佳。
(三)严格挑选菌种
接种用的菌种一定要由专业人员进行认真的挑选，一般要选取洁白、浓密、健壮、生长旺盛的菌丝，接种后则生长迅速，"吃"料快，不易感染杂菌。
(四)严格接种操作，动作快速
1.接种前，接种室及接种用的所有工具均要进行严密消毒。
2.接种过程中，不能离开火焰附近的无菌区。
3.接种时先检查棉塞是否打湿，如棉塞湿了必须及时更换无菌棉塞。
4.接种时动作要迅速，减少杂菌入侵的机会。
(五)把好菌丝培养关
1．培养室温度保持在20-25℃左右，湿度为60％-70％左右。
2．注意通风透气。
3．定期清查杂菌，发现被污染的菌种及时处理。
以上几个方面严格把关，才能有效地控制杂菌污染，制出合格的灵芝菌种。
