在食用菌的生长发育过程中，由于不当的栽培管理技术和不适宜的环境条件或遗传变异等原因，引起食用菌生长发育的生理性障碍，产生异常，甚至死亡，这种现象都列入生理病害。
一、菌丝徒长
此现象在香菇、平菇栽培中均有发生。徒长的菌丝，在覆土表面或培养料面生长过旺，形成一层致密的不透水的菌被，造成出菇延迟或出菇稀少，大量减产。
发生原因：
1、管理原因。在平菇、香菇栽培中，不注意通风，覆盖的塑料薄膜未掀开通风换气，二氧化碳积累太多；香菇培养料表面湿度过大；平菇培养料干燥等，这些不良的环境条件都适于菌丝的生长，不利于形成子实体。从而造成徒长。
2、菌种原因。母体分离时，气生菌丝挑的过多，常使原种和栽培种产生结块现象，而出现菌丝徒长。
防治方法：
1、在菌丝生长后期，应注意菇房的通风换气，经常掀动塑料薄膜以增加透气，适当降低二氧化碳浓度；培养料调配湿度应适当，防止过干或过湿；适当降低菇房内的温度。总之，在栽培中，应加强科学正确的管理，避免菌丝徒长发生的环境条件，促进子实体的形成。
2、如果菌丝已经徒长，培养料表面出现菌束网或菌被，可用刀划破菌被或菌束网，喷一次重水，并进行大通风，降低温度，制造温差刺激，即可促进子实体的形成。
二、畸形菇
食用菌在栽培中，常常出现子实体形状不规则的现象这称为畸形菇。如平菇出现无数原基堆集成的花菜状子实体，菌柄不分化或极少分化，无菌盖。平菇原基分化后，常由异常分化的菌柄组成珊瑚状子实体，菌盖无或极小。有的菌盖小而菌柄大，或菌盖歪斜，锯齿状，甚至歪斜、交叉。平菇、香菇有的菌柄粗而菌盖小，或菌柄弯曲，菌盖凹凸不平，菌盖边缘反卷或呈波浪形等。
发生原因：
1．造成畸形菇的原因很多，如机械损伤；
2．菇房内的空气不流通，二氧化碳浓度过高；
3．菇床里的光照不足；
4．温度偏高；
5．病毒为害；
6．因病用药不当，发生药害；
7．理化诱变剂的作用，以及遗传变异等原因，均可造成畸形菇的发生。
防治方法：防治畸形菇发生的措施主要是对症治疗，减少机械创伤，合理安排栽种时期，避开高温季节下出菇；加强菇房通风，给予适当的光照温度条件，合理使用农药，恰当使用诱变剂，选用优良的品种等。凡是综合适当的管理，均可减少畸形菇的发生。
三、幼菇萎缩
多种食用菌栽培中会发生幼菇萎缩现象。其症状为幼菇及菇丛生长瘦弱，子实体颜色变黄白或淡黄褐色，菇体逐渐萎缩枯死。幼菇萎缩现象主要发生在头两潮菇出菇期间，小菇大量死亡，往往严重影响前期产量。
发生原因：
1、营养不良。培养料营养不足，含水量太低，出菇太密，营养供应不足。
2、高温高湿。菇房通风不良，二氧化碳积累过多，幼菇窒息。
3、出菇时，喷水过多，或对菇体直接喷水，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡。
4、用药过量，产生药害，伤害了小菇。
5、菇房内空气湿度过低，幼菇失水致死。
防治方法：注意供应充足的营养，加强菇房通风，控制适当温度湿度，适当喷水，适当用药。
四、菌丝生长缓慢或不生长
草菇等食用菌在发菌阶段常会出现菌丝生长缓慢或不生长现象，导致出菇延迟或不出菇，而影响产量。
发生原因：
1、培养料含水量不适当，过多、过少均会造成菌丝生长缓慢，尤其是含水量过多时影响最大；培养料营养贫贫乏亦会造成菌丝生长缓慢。
2、培养料酸碱度不适宜，如酸度过高或过低均会影响菌丝的生长速度。
3、培养料的温度过高或过低，直接影响菌丝的生长速度。特别是当温度过高时，常会引起菌丝生长缓慢甚至烧死菌丝。
4、使用农药不当，发生药害。
防治方法：针对述发生原因，采取相应的措施进行防治，总之，在栽培过程中，要采取一切适当的措施进行管理，创造适宜的环境条件，合理使用农药等，即可防治。
