在栽培食用菌的过程中，有时会受到某些不良环境因素的影响，造成生长发育障碍，产生各种异常现象，导致减产及品质下降，即所谓的生理性病害。常见的主要有以下几种：
1、菌丝徒长
蘑菇、香菇、平菇等栽培时均有发生。在菇房湿度过大和通风不良的条件下，菌丝在覆土表面或培养料面生长过旺，形成一层致密的不透水的菌被，推迟出菇或出菇稀少，造成减产。在栽培过程中，一旦出现菌丝徒长的现象，就应立即加强菇房通风，降低二氧化碳浓度，减少细土表面湿度，并适当降低菇房温度，抑制菌丝徒长，促进出菇。若土面已出现菌被，可将菌膜划破，然后喷重水，大通风，仍可望出菇。
2、畸形菇
蘑菇、平菇、香菇等食用菌栽培过程中，常出现形状不规则的子实体，或者形成未分化的组织块。如栽培平菇时，常出现由无数原基堆集成的花菜状子实体，菌柄不分化或极少分化，无菌盖。原基发生后的畸形菇，则是由异常分化的菌柄组成珊瑚状子实体，菌盖无或者极小。蘑菇、香菇常出现菌柄肥大，盖小肉薄，或者无菌褶的高脚菇等畸形菇。造成食用菌形成畸形菇的原因很多，主要是二氧化碳浓度过高，供氧不足；或覆土颗粒太大，出菇部位低；或光照不足；或温度偏高；或用药不当而引起药害等。
3、薄皮早开伞
在蘑菇出菇旺季，由于出菇过密，温度偏高，很容易产生薄皮早开伞现象，影响蘑菇质量。在栽培中，菌丝不要调得过高，宜将出菇部位控制在细土缝和粗细土粒之间；防止出菇过密，适当降低菇房温度，可减少薄皮早开伞现象。
4、硬开伞
当温度低于18℃，且温差变化达10℃左右时，蘑菇的幼嫩子实体往往出现提早开伞（硬开伞）现象。在突然降温，菇房空气湿度偏低的情况下，蘑菇硬开伞现象尤甚，严重影响蘑菇的产量和品质。在低温来临之前，应做好菇房保温工作；减小室内温差，同时增加菇房内空气相对湿度，可防止或减少蘑菇硬开伞。
5、空根白心
蘑菇旺产期如果温度偏高（18℃以上），菇房相对湿度太低，加上土面喷水偏少，土层较干，蘑菇菌柄容易产生白心。在切削过程中，或加工泡水阶段，有时白心部分收缩或脱落，形成菌柄中空的蘑菇，严重影响质量。为了防止这种现象的发生，可在夜间或早晚通风，适当降低菇房温度，同时向菇房空间喷水，提高空气相对湿度。喷水力求轻重结合，尽量使粗土细土都保持湿润。
6、死菇
在蘑菇、香菇、草菇、平菇、金针菇等多种食用菌的栽培中，均有死菇现象发生。尤其是头两潮菇出菇期间，小菇往往大量死亡，严重影响前期产量。造成死菇的原因，一是出菇过密过挤，营养供应不足；二是高温高湿，菇房或菇场通风不良，二氧化碳累积过量，致使小菇闷死；三是出菇时喷水过多，且对菇体直接喷水，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡；四是用药过量，产生药害，伤害了小菇。
7、水锈斑
多见于蘑菇。菇房通风不良，空气相对湿度超过95%时，菇盖上常有积水，或覆土粒上有锈斑，都会使蘑菇菌盖表面产生铁锈色斑点，影响菇体外观。避免使用带铁锈色的覆土，加强通风排湿，及时蒸发菌盖表面的水滴，可防止蘑菇水锈斑的发生。
