食用菌工厂化应该是集工程、食用菌、智能和信息技术装备于一身的生产方式。是指通过运用工程设施技术创造和调节对食用菌生长发育有利的局部环境，这种环境能将食用菌的遗传潜力变为现实巨大生产力。食用菌工厂化涉及建筑、材料、机械、自动控制、品种、栽培、管理等多种学科，科技含量高，必须依靠强大的科技支持和资金投入。
食用菌工厂化是现代食用菌产业一种可持续发展的生产方式，通过利用可控制食用菌生长环境的工程技术解决现有资源和环境约束问题，为食用菌提供最适合的生产环境来进行生产，以达到最高生产效率和最大综合效益的目的。食用菌工厂化通过各种设施机械和装备，使得食用菌的理化条件得到精确的控制和管理，主要生产环节实现机械化和自动化，在保证高产、高效的同时，也起到了环保的作用。
食用菌工厂化需要前沿科技又重视实用技术。我国食用菌工厂化科研既要努力追赶国际先进水平，并对食用菌工厂化关键技术和装备进行研究，同时要根据食用菌工厂化生产实际需要，面向食用菌工厂化产业化发展，因地制宜，根据区域特色，发挥区域优势，形成食用菌工厂化生产和经营管理有机结合，以生产效率最高、实现最大效益、不断提高竞争力和促进产业发展为最终目的。通过研究解决食用菌工厂化产业升级和突破食用菌工厂化科技创新，利用高科技、智能化的管理控制系统，有效利用食用菌资源，提高食用菌综合生产利用水平，提高食用菌工厂化生产效率。
以往食用菌工厂化主要是研究环境管理控制，如今，食用菌工厂化更加重视生产环节的机械化程度。信息化和智能化研究依然是目前乃至未来的研究方向。信息化和智能化的关键技术将会为食用菌工厂化实现高效、优质、环保的生产目的作出重要贡献。
同时，我国食用菌工厂化还要进行计算机智能化温室综合环境控制系统的研究。食用菌工厂化的核心是对设施内栽培环境能有效地控制，进行机械化与自动化生产，营造适于食用菌生长的最佳环境条件。通过采计算机智能化调控装置系统采用不同功能的传感器探测头，准确采集设施内室温、菌温、空气湿度、二氧化碳浓度、风向、风速以及食用菌生长状况等参数，通过数字电路转换后传回计算机，并对数据进行统计分析和智能化处理后显示出来，根据食用菌生长所需最佳条件，由计算机智能系统发出指令，使有关系统、装置及设备有规律运作，将室内温、光、水、气等诸因素综合协调到最佳状态，确保一切生产活动科学、有序、规范、持续地进行。计算机有记忆及查询功能、决策功能，为生产者全天候24小时提供帮助。
我国食用菌工厂化应开发设计适应我国国情的模式。在引进消化国外先进技术的情况下，设计开发出低能耗、环境控制水平较高，适宜我国经济发展水平，又能满足不同生成气候条件的模式。应着力选育一批高产、优质、耐贮、抗逆性强，适宜于工厂化生产的品种。要加强食用菌工厂化相关技术、管理、开发人才的培养。目前我国食用菌工厂化的技术开发、管理的高素质人才极度缺乏，关键技术的开发管理与国外水平存在较大差距。加快食用菌工厂化高技术人才的培养，是食用菌工厂化迈上新台阶的关键。
食用菌工厂化起源于日本、荷兰等食用菌发达国家，这些国家的工厂化食用菌生产确有独到之处，其科技含量高、智能化程度高、管理得当。因此，我国菌界有识之士适当借鉴引进，以提高我国食用菌工厂化水平无可厚非。但应该注意我国幅员辽阔、气候类型多样、地域条件差别大，经济、技术、市场条件不一，致使我国不同的地区食用菌生产条件各不相同。要有计划、有目的地发展食用菌工厂化，而不能盲目照搬某一国家或地区的模式。必须重视区域特点，因地制宜，找出适合本地的、先进性与实用性相结合的食用菌工厂化类型，形成适合中国国情的食用菌工厂化发展体系。
目前我国食用菌工厂化靠扩张面积和增加数量求发展的方式非常不科学，今后应在提升工厂化总体质量上下功夫，强化科技创新，走出一条适合中国工厂化发展国情的发展之路。中国的菌界应对食用菌工厂化政策研究、产业布局、管理进行深入系统研究和梳理：在政策研究方面，对食用菌工厂化投入与支持政策等进行研究；在产业布局方面，根据区域特点和产业分布，进行模式、技术、标准等方面的研究；在具体管理上，加强企业管理和科研等。突出科研和食用菌工厂化相关前沿技术和装备。以区域性特点作为食用菌工厂化发展的基础，着手开始调研食用菌工厂化实际情况，探索食用菌工厂化生产工艺模式，制定食用菌工厂化发展技术路线图,建立食用菌工厂化机械化水平评价指标体系，定型适合各地区域特点的食用菌工厂化结构和配套装备，以逐步达到食用菌工厂化标准化、模式化、系列化、机械化、信息化和产业化，针对我国食用菌工厂化数量多、质量低、效益差的现状，业内的科学研究应着眼于解决大面积生产中存在的问题。“眼睛向下”才能走出“象牙之塔”，发现实际问题，急广大生产者之所急。“思路向上”才能瞄准学科前沿，瞄准高新技术目标和制高点，切实借鉴国内外食用菌工厂化先进技术成果，突破食用菌工厂化发展瓶颈，使我国尽快进入食用菌工厂化强国行列。
