近年来，连云港市连云区委、区政府着力引导产业升级，促进一产与二三产业融合发展，大力推挤食用菌工厂化生产，坚持规模化种植、标准化生产、集约化经营、市场化运作，使该区食用菌生产水平由初期自由式发展、粗放式管理到现在的集约化、工厂化生产，走出一条具有连云特色的农业产业化发展新路子。
连云区食用菌工厂化生产始于2008年，目前已有连云港国盛生物科技有限公司和江苏骏都生物科技有限公司两家企业建成投产。国盛生物科技有限公司是杏鲍菇工厂化生产企业，占地63亩，总投资6800万元，目前一、二期工程已完成投产，投资4500万元，年产杏鲍菇鲜品8000吨。骏都生物科技有限公司是真姬菇（又名蟹味菇）工厂化生产企业，占地60亩，项目总投资1.1亿元，一期工程2010年3月开工，投资4000万元， 2010年9月完成并投产，年产真姬菇3000吨。目前连云区工厂化生产食用菌处于省、市领先水平。
生长这些食用菌所需的‘土壤’，主要是用秸秆、米糠、玉米芯、玉米粉等农作物下脚料制作而成的。这些农作物下脚料均来自企业周边500多农户，两企业一年的秸秆利用量就达到2万吨。据了解，国盛生物科技有限公司采摘完蘑菇后，留下的菌糠，通过挖瓶机挖出后作为锅炉燃烧的燃料，该做法得到环保部门肯定。骏都生物科技有限公司采摘完蘑菇后，留下的菌糠成为有机肥的主要原料，通过高温发酵提取，配以一定比例的无机养分及各种微量元素，加工成有机肥，成为大棚蔬菜的专用肥料。这样的做法得到了国家发改委的肯定，给予了政策和资金等扶持。
