2、不利因素
（1） 管理不规范、产业化程度低
我国食用菌生产仍以传统模式为主，大多依靠农户手工操作的方式进行种植，行业管理不规范，产品质量参差不齐；食用菌生产的发展也较为盲目，生产种类集中在几个较为有限的品种，没有调控机构进行统一的管理和控制。
（2） 缺乏权威市场信息发布体系
目前，我国还没有权威的食用菌市场信息发布体系，信息监测和处理系统建设较为滞后，面对不断变化的国际国内食用菌市场，面向全社会的公益型食用菌市场信息服务体系有待建设完善。
（3） 科研人才不足
我国工厂化生产食用菌的产量逐年上升，企业数量也不断增加，对于专业科研人员的需求与日俱增，尤其是同时具备先进科研理论知识与丰富实践经验的人才，科研人才不足成为妨碍行业发展的制约因素。
（4） 市场竞争无序
近几年，数量不断增长的食用菌工厂化产品集中上市，对市场流通体系带来了冲击和考验，此外由于信息不畅等原因造成市场竞争较为无序，出现了个别品种、个别区域的供需失衡，2013 年食用菌工厂化生产企业数量自2008 年以来第一次出现了负增长。
