每年的5月-8月是新一年度羊肚菌生产规划的开始，对大部分基地来说，这期间菌种厂房的建设、扩建或修缮的最好时间。菌种厂的合理与否决定着后期的生产效率、生产质量，同时菌种厂也是唯一能拿得出手让当地政府认可的基础建设，因此大多的基地会倾向于追求高大上的基础建设。而对于羊肚菌栽培生产而言，大量的基建设施折算到一季羊肚菌生产，效率是很难体现的，总不能让闲置的8-10个月份菌种厂房平摊占用几亩薄田的收益？这个问题虽不是本节考虑的重点，但值得每一位计划菌种厂房修缮建设所慎重考虑，尽量做到物尽其用，性价比最高。
性价比高离不开对菌种厂房的结构认识，各个功能区位置选择，功能区建设的要点注意事项等。羊肚菌从属于食用菌，菌种生产流程和食用菌大体一样，略有改进而已。对常规食用菌菌种厂有概念的朋友，在理解羊肚菌菌种厂建设方面就很方便。
本文讨论的是一个理想中菌种厂，实际生产中，每个基地的土地面积、基础设施、气候条件、资金情况均大不相同，请主要以每个功能区的主要任务、功能区与功能区之间的联系、不同和特殊要求入手，合理的规划和设计自己的厂区。
羊肚菌和常规食用菌生产类似，在母种、原种、栽培种及外源营养袋的制作过程中需要确定的设施和厂房做支撑。厂房的布局通常有以下几方面需要着重考虑的因素：
一、场地要求
优选地势较高，通风、排水良好，交通便利，水利电力设施到位的场地进行菌种厂的建设，厂址附近300 m以内不能有规模化养殖场，无垃圾场，无污水及其他污染源，如大量扬尘作业的水泥厂、砖瓦厂、石灰厂、木材加工厂、火电站、焚烧池等，或者确保养殖场等污染源严格控制在菌种厂的下风口。
二、厂房的规模
要根据所生产食用菌全年某一阶段的最大生产量进行设计，并按照不同生产季节可实现对厂房的综合利用，进行厂房布局和设施选择。专一为羊肚菌菌种生产做一个标准化厂房就比较鸡肋，通常羊肚菌菌种生产就两个多月，剩余的近10个月如果没有其他项目匹配，厂房的利用率就大打折扣。
三、厂房的布局
整个厂区如图5.2.1《羊肚菌生物学与栽培技术》所示，包括办公区域、生活区域、厂区安全设施、储物室、原料仓储、堆料区、拌料装料区域、灭菌区域、冷却接种区域、养菌区和低温储藏区，根据洁净度要求，对可能产生污染或扬尘的操作区域如堆料、拌料区需要安置于下风口，或者远离洁净区域如冷却、接种、养菌区域，且按风向呈平行状。厂区内有相应的绿化带，减少扬尘。
标准化羊肚菌菌种厂房设计规范（刘伟绘制）
原料仓库：用于储存麦粒、麸皮、木屑、稻谷壳、玉米芯等大宗原材料。
堆料区
储物室：用于存放生石灰、石膏、原种瓶、菌袋、菌签、小型设施和各类生产用杂物。
堆料区：在羊肚菌的原种、栽培种及外源营养袋生产中，需要使用大量的木屑、稻谷壳、玉米芯等原料，这类原料的吸水性较差，需要预湿堆置，该区域产生的污染物最多，通常置于厂区的一脚，远离洁净区域。
周转区域
拌料装料灭菌区：菌种厂的整个生产区域，包括原种、栽培种和外源营养袋的生产。在当前的栽培技术体系中，小麦是重要的原料。小麦的浸泡需要特定的浸泡池；拌料区和装料紧邻，可以做成6 ~ 8 m高的宽敞钢架结构，便于通风和操作；灭菌锅设置在装料区附近，直接将装好的袋子（瓶）置于灭菌锅中灭菌，减少中转。
拌料操作、高压蒸汽灭菌、常压蒸汽灭菌区
冷却接种区：冷却间的目的是为了将灭好菌的袋子冷却降温和接种前的中转，属于洁净区。房间需要装配空调，墙面、地面做防尘处理，需要尽可能地保持灭菌后的袋子表面处在无菌状态。冷却间和接种间紧邻，冷却的干净袋子直接从内部开的门洞转运至接种间进行接种操作，接种室是绝对的无菌车间，是所有厂区内要求最严格的，因此，需要在进门处设计缓冲间，空间要求干燥、防尘防潮、空气洁净、低温、光线明亮，地面、墙体光滑，便于清扫、消毒。
冷却及接种间
养菌室：养菌室是用来培养各级菌种的房间，要求控温控湿、通风、避光、防尘防潮、地面墙体洁净光滑、便于清扫消毒；通常情况母种、原种、栽培种可共用，没有严格的区分，但有条件的菌种厂可将母种和其他菌种区分开来。
养菌间
低温储藏室：来不及使用的菌种一定要置于低温环境下储藏，避免菌种在高温下的持续发育，导致老化。
实验室和化验室：用于母种制作、遗传育种实验开展、菌种检查、菌种留样的功能场所。
小型实验室
所有的区间水电、消防安全配备到位，分工明确。
