出菇管理是羊肚菌生产关键期，是生产的冲刺阶段。羊肚菌幼菇极为娇嫩，对环境变化十分敏感。因此，生长发育关键时期温润小气候至关重要，即气温润是关键。近期将进入北京地区羊肚菌出菇管理阶段，为确保优质高产，现从催菇、育菇、采菇及病虫害防治四个方面提出以下技术指导意见，请各种植主体参照执行。
当前期产生的白色菌霜自动褪去或变少，临近天气预报显示气温处稳定回升状态且棚内地温能够稳定在6℃以上时，浇一次大水，充分浇透土壤。在环境调控方面，控制棚内的气温在5-25℃范围，使地温在6℃以上，空气湿度保持在75%-90%，白天给予一定散射光照射（500-800Lx），时长5-8h。3-5天后观察到土表有1mm左右的晶莹剔透的白色针尖大小的原基形成，即完成催菇环节。
原基形成后，即转入幼菇保育阶段，适合原基生长发育的环境条件为：温度10-22℃，18℃为最佳；空气相对湿度85%-95%，土壤含水量50%-60%；通风，空气流动20-40cm/min。羊肚菌的幼菇十分娇嫩，直到生长发育到3cm的小菇阶段，需要尽量保持生长发育环境的稳定。用弓子及时支起地膜，使地膜离地至少0.8m。当小菇长至3cm以上后，逐步揭开小拱棚上的地膜。通过棉被的收放将棚正中位置、离地1m的气温控制在5-25℃；通过向过道或空中使用微喷将空气湿度保持在75%-90%；白天给予一定的散射光照射（800 Lx左右）；白天温度高时进行小通风（通风以通顶风为要，不能通底风），每天2-3次，每次10-20min。随着幼菇的长大逐渐加大通风的频次和时长。
当羊肚菌子囊果长至10-15cm，颜色变成黑褐色，菌帽的凹坑较为明显时即可采收。采收时用手捏住羊肚菌根部，用刀沿地表切下即可。用刀片刮掉子囊果柄基部的泥土后放在固定容器中，然后直接保鲜销售或及时烘干存放。
出菇过程中注意通风，避免棚内出现高温高湿，可有效防止子实体畸形、死菇等生理性病害和预防拟青霉、镰刀菌等侵染性病害。日光温室内潮湿的环境易发生菇蚊、菇蝇、蛞蝓、跳虫等害虫，采取“预防为主，综合防治”的方针可有效控制虫害发生。
