菌丝培养阶段俗称养菌，菌丝的生长过程通过将基质转化为自身营养，并在体内积累，养菌质量直接关系到将来出菇的时间、产量和质量，养菌具体要求如下：
1、温度调节：菌丝生长最佳温度23-25℃，保持恒温发菌是关键。温度会直接影响菌丝生长速度和质量，温度高时容易造成烧菌杂菌污染，还会造成菌丝徒长，易衰老，活力抗性不强，在适宜温度范围内，温度偏低，生长速度虽有所下降，但菌丝体健壮，活力强，抗性强。(在实际管理时建议按22-23℃为宜，菌丝健壮生长，菌丝密度大，有利于控制杂菌)，冬季温度低注意增温保温，用煤火加温时，要安装排烟管，防止煤气中毒或失火事故发生，炉火管道或送热管道与菌袋要保持一定距离，以免高温烫伤菌丝造成损失。后期温度高时，要注意通风降温。养菌全程要求平稳，温度忽高忽低会影响菌丝生长。冷天低温季节，通风时间要选择在中午高温前后。整个养菌期始终要防止高温烧菌，冬春冷天时间较长，如果不采取加温保温措施，温度达不到要求，菌丝长期处于低温不能生长，会影响生理不能按时成熟，出菇期推迟。
2、养菌棚、室要求：干燥（空气相对湿度在60-70%）、卫生、暗光、恒温（24℃左右为佳）、通风。
搭建养菌棚，要远离污染源，周围无养猪、养鸡场、厕所等，无垃圾废物，腐朽及不洁净的草帘等物不能搭在棚内层，避免滋生杂菌造成漫延，危及菌袋。
菌袋入棚前，必须对棚内和棚周围进行严格清扫消毒、灭菌，确保养菌环境安全。
3、菌袋排放：菌袋进入养菌棚室，堆放高度1米左右，堆与堆之间要留有空隙和人行道，便于出入管理。
4、翻堆检查：接种10天后(或菌丝长到8-10公分时)，翻堆检查。菌丝发育生长的正常不正常，先看菌丝是否洁白旺盛，有没有发黄发红等现象，正常的菌丝呈放射状向周围均匀整齐生长，若发现不规则状花斑或点状现象，要看是否袋里有杂菌感染。
①小面积轻微杂菌感染，局部注入杀菌药剂（如酒精）后移至通风、暗光处隔离培养，链孢霉用塑料袋包裹，小心移出室外放在阴凉通风处盖好或者深埋养菌，感染较严重的彻底隔离，晾干掺加新料重新灭菌接种。
②发现没有发菌的“死穴袋”要重新补接菌种。
③发现发黄发暗红则应考虑温度高或缺氧或菌丝不旺，可以通过刺孔增氧生长后，明确找出原因。
