洪灾过后，高温高湿的环境极易诱发食用菌病虫害的爆发性发生，必须快速、果断采取应急措施，最大限度减少损失并防止灾后病虫害蔓延。以下是一些应急措施，供栽培者参考。
一、降低环境湿度
1、排水清淤，尽快排除发菌房、出菇棚的积水，清除地面、菇架上的淤泥和杂物，疏通排水沟渠，确保排水通畅。
2、在安全的情况下尽快恢复电力供应，修复制冷、抽湿和通风设备，大棚掀开棚膜，加强通风，降低湿度，抑制病虫害繁殖速度。
二、清理污染源
1、发菌房内立即清理并移出所有受洪水浸泡的菌棒、集中到一个大棚内，后期根据污染情况进行回炉，污染严重的需密封移除，远离生产区焚烧或深埋焚烧，不要心存侥幸！
2、出菇大棚内已经开袋出菇的菌棒，要及时用清水清除表面淤泥杂物，再喷洒1-2%的石灰水，剔除一些污染严重的菌棒。
3、所有剔除的污染包要送到远离生产区的地方进行集中处理深埋或焚烧。严禁随意丢弃在菇房菇棚附近。
三、环境、人员消毒
1、发菌房、出菇棚清理过后，可选用5%石灰水或防治霉菌的杀菌剂（二氯异氰尿酸钠、百菌清等）进行空间喷雾或熏蒸，注意操作安全和及时通风。
2、石灰粉隔离，在出菇棚地面菌棒周围撒一层石灰粉，起到吸湿和隔离地下害虫的效果。
3、消毒后应注意个人清洁，防止病菌传播和自身感染。
四、病虫防治措施
1、真菌性病害如木霉、青霉、毛霉、链孢霉是防治重点，降低空气湿度是最有效的预防，可用药物有石灰水、多菌灵、咪鲜胺、噻菌灵、腐霉·百菌清等，直接喷洒或涂抹在污染处。
2、细菌性病害如黄菇病、斑点病等，发病初期可喷施噻霉酮、春雷霉素等，注意水源清洁，必要时需用石灰消毒，避免高温高湿时喷水。
3.菇蚊、菇蝇，灾后可能爆发，可悬挂黄板诱杀成虫，成虫密度高时，可使用高效低毒药剂如高效氯氰菊酯、呋虫胺、吡虫啉、噻虫嗪等进行喷雾。
4、出菇棒发现螨虫，可用氯氟·甲维盐等专用杀螨剂进行喷雾处理，发菌棒发现螨虫和严重感染的菌棒需焚烧或深埋。
5、发现蛞蝓、蜗牛，可人工捕捉或菌棒周围撒石灰阻隔，在大棚周边、角落、出入口等远离菌棒且蛞蝓等进入大棚处放置四聚乙醛诱杀剂。
6、病虫害防治优先考虑清除病菇污染菌袋、清理环境卫生等生态防控和黄板、诱虫灯、降低湿度、通风等物理防控方法，密度较大时选择安全药剂避开出菇期使用。
