侵害蘑菇的害虫种类较多，对其产量和质量影响较大的有菇蚊类，如：眼菌蚊科的厉眼菌蚊、多菌蚊、蚤蝇科中的黔虼蚤蝇、白翅蚤蝇。瘿蚊科中的真菌瘿蚊、嗜菌瘿蚊。螨类中的蒲螨和粉螨。弹尾目中的黑角跳虫、等节跳虫等。这些都是蘑菇菌丝生长期的主要害虫。
（一）多菌蚊：多菌蚊是眼菌蚊科中的一个重要属，是为害多种食用菌的重要害虫，在山东、江苏、安徽、一带发现较多，其幼虫营腐生和寄生生活，即能在蘑菇培养料中生活，又能取食蘑菇菌丝和菇体，是中温蘑菇中的终身害虫。
１、形态特征与为害性：成虫是一种体形微小的黑蚊，体长约2－４毫米，背部微隆，触角较长，善于飞翔。幼虫体长４－６毫米，头部黑色发亮，蛹为红褐色。多菌蚊是一种耐低温性较强而不耐高温的蚊虫。每年的９月中旬，当菇房内温度稳定在３０°Ｃ以下，受蘑菇菌丝气味的引诱，成虫飞入培养料中产卵，幼虫则取食菌丝。经２０多天的时间完成一个周期。第二代的幼虫多在土层有菌丝的地方取食菌丝和原基，并从幼菇的基部钻入菇体。随着菇体的生长，菇盖和菇柄内形成许多孔洞和隧道，严重影响了菇体的产量和质量。成、幼虫活动时还携带病菌和螨虫在菇床上传播引发病害。当温度降至１５°Ｃ以下，幼虫则潜入料内部取食，即使在０°Ｃ以下，幼虫仍能在袋内活动，成虫则停在料面上。待温度回升到５°Ｃ以上，成虫则恢复活动。待春菇３－４月长出，虫量增加。４－６月份是成、幼虫的活动高峰期。当温度升高到３０°Ｃ以上，成、幼虫活动量减少。在３３°Ｃ时幼虫不取食，成虫死亡。以蛹在石缝、残料等阴暗处越夏。
２、防治方法：
（１）及时清除废料，减少虫源。
（２）覆土拌药，减少发菌期虫源：当发菌期发现有成虫活动，就要在料面覆盖物上喷施敌敌畏或菇虫净，以减少成虫飞入量。在覆土时，土中拌入１０００倍的长效夏菇宁，能将料中的幼虫杀死，持效期可达３０天以上。
（３）出菇期间出现幼虫为害，应及时摘除可收的菇体。待菇床土面较干时，喷上５００－１０００倍的菇虫净，达到成、幼虫兼治的效果。也可用敌杀死或氯氰菊酯５００－１０００倍喷雾。
（４）当春菇出现，应将杀虫净与浇春菇水结合在一起。多次喷施，以确保春菇安全。
（二）蘑菇黔虼蚤蝇
为害蘑菇的蚤蝇有白翅型蚤蝇和黔虼蚤蝇。在山东、江苏一带，黔虼蚤蝇作为侵害蘑菇的优势种，尤其是高温蘑菇若防治不当，常遭至蚤蝇毁灭性侵害。这也是高温蘑菇难以大面积种植的主要原因之一。
１、形态特征与为害性：黔虼蚤蝇是一种喜高温的体形微小的黑蝇。成虫体长1、4－1、8毫米，体黑色。成虫不善飞翔，而善跳跃。幼虫体长２-3毫米，蛆形。当菇房内温度至１３°Ｃ以上的三月份，成虫开始活动，在料面和菇盖表面跳跃，选择菌丝浓密处产卵，幼虫则从菇柄基部蛀入，一边咬食菇肉一边钻蛀。成群的幼虫使菇体内部形成千疮百孔，而丧失其商品性。在２０－２５°Ｃ的环境下，蚤蝇２０天就能繁殖一代。在培养料二次发酵不彻底的情况下和偏早播的情况下，发菌期就可使蚤蝇大量繁殖，而在第一批菇出菇期导致暴发为害。高温蘑菇自５月份播种至出菇期的７－８月高温期都易引发蚤蝇为害，因此种过高温蘑菇的菇床再种双孢蘑菇时周围残留的蚤蝇虫源将成为侵染双孢蘑菇的虫源。蚤蝇成虫常携带多种病菌和螨虫，致使菇床病害发生和蔓延。
２、防治措施：
（１）加强环境卫生，减少虫源：在常发生蚤蝇为害的菇场，要保持菇场干净，及时摘除被害菇体，并将菇体深埋或烧掉。
（２）加强覆土处理，控制发菌期的虫量：对于蚤蝇发生量大的菇场，在料中就应加入长效驱虫剂－夏菇宁１０００倍喷施，尔后再播种，这样可杀死发菌期的幼虫。在覆土材料中结合施调菇水时，也可用１０００倍的夏菇宁防治随着菌丝向土面活动的幼虫。并保持较长的药效。
（３）出菇期的药剂防治：要选择既能杀死成虫，又能杀幼虫的低毒高效的杀虫剂－菇虫净防治。如成虫量较多，需提高菇虫净浓度，用量在５００倍。而防治幼虫可控制用量在１０００倍。每隔５－７天喷施一次，可有效地控制蚤蝇为害。
（三）瘿蚊
瘿蚊是蘑菇上普遍性害虫，在培养料未处理彻底的情况下，１１月份的蘑菇和春季４－５月份的蘑菇发生较多。带有鲜艳的红色、桔红色的幼虫钻入菇体的菌褶内或粘附在菇盖和菌柄上，严重影响产品的商品性，对产量和质量都产生较大的影响。
１、形态特征和为害性：瘿蚊是一种体形微小的蚊虫。成虫体长１－１.２毫米，体色较淡。菇床上不易发现成虫。幼虫有多种的体色，如黄白色、桔红色、淡黄色等色彩，体长约１－２毫米.在温度５－３０°Ｃ之间，幼虫都能以幼体生殖的方式繁殖。幼虫在母体内发育成熟，直接咬破母体的体壁爬出。幼虫既营腐生生活也营寄生生活。幼虫在无菌丝的发酵料内也能繁殖。有了菌丝后则以菌丝为主要营养源，而且能咬食菌褶，造成缺刻等为害状。在湿度高于３０°Ｃ以上，幼虫化蛹，以蛹越夏。成虫喜欢将卵产在腐殖质丰富和水份偏多的基质内。蘑菇房内的虫源来自于未经二次发酵处理的培养料和播种后成虫在料中产的卵。
２、防治方法：参照多菌蚊的防治。
（四）跳虫
跳虫多生活在土中，植物上及水面等环境中，大多数营腐生生活。但如等节跳虫、长角跳虫却以多种的食用菌菌丝和子实体为食。在地面种植的蘑菇或是高温蘑菇常受到跳虫侵害。当虫口密度很大时，蘑菇的菇体上都聚集着几十只的跳虫时，菇盖被啮食得斑斑点点，幼菇受害严重而萎缩，产量受到严重的影响甚至绝收。
１、形态特征与为害性：跳虫的种类繁多，但在不同的地方和不同季节中，跳虫的种类却有不同。例：等节跳虫是高温季节的主要种类。等节跳虫体小，约０.５－１毫米，体色灰黑色，主要取食高温蘑菇菌丝，能在发菌期间大量繁殖。由于虫体微小，肉眼难以看见，只有在施用杀虫药后第的二、三天虫体死亡而落在地面上。室内栽培的蘑菇，能在地面上看见一层灰色虫体。长角跳虫体长约１.５－２.５毫米，体灰白色，在秋季露天栽培的蘑菇料中大量繁殖。虫体善于跳跃，常成群漂浮在水面上。当温度下降到１５°C以下，为害程度降低而逐步消失。
２、防治方法：
（１）清洁环境，降低虫源数量：及时铲除菇房四周的杂草和废料垃圾，能有效地养活虫源。
（２）在较高温时期播种，极易引发跳虫为害。虽然肉眼难以看见，但已存在虫害。因此，应用长效药处理培养料，并在喷施调菇水时，用夏菇宁和菇虫净１０００倍，能将发菌期内的跳虫杀死，免除出菇期的跳虫为害。
五、螨虫
螨虫对蘑菇菌丝和菇体侵害已成为世界性灾害。尤其在我国，栽培设施简陋，菇房难以密封处理、菌种生产技术简单、菌龄老化。因此，在蘑菇生产的老场区内，螨害普遍且严重，在有的年份甚至绝收。
１、形态特征与为害状：为害蘑菇的螨虫有多种，如粉螨、害长头螨、腐食酪病、兰氏布伦螨等。粉螨体形微小，体长只有０.１毫米左右，只有成堆的螨，堆集在土面或菇盖上才能看出。腐食酪螨体较大，在菌丝体中能看到一些小亮点。而害长头螨的膨腹体长达４－７毫米，膨腹内有十头到几百头的幼螨。幼螨在母体内发育成熟后，从母体中钻出。在２７°Ｃ的环境下发育一代只需８天。在２５°Ｃ环境中，在一瓶蘑菇菌种接入腐食酪螨５－１０只，经４０天观察，全瓶中的菌丝已被食尽，只见老化的菌索，而螨虫数量不计其数。螨虫在１０°Ｃ以下，基本处于休眠状态，在１２°Ｃ以上开始取食，２０°Ｃ以上大量繁殖。在高温蘑菇培养料内，３７°Ｃ的状态下，螨虫仍能取食和繁殖。螨害造成菌丝退化，培养料粘湿，子实体孔洞、腐烂、秃根，幼菇萎缩等现象。螨虫食性杂、生活力强，能营腐生生活和寄生生活，尤其在猪、牛、鸡粪上都有螨虫。在栽培房的架子、墙角缝隙都会藏有休眠体。菇蚊、蚤蝇体也携带着螨虫。这些都是栽培期的虫源，加之菌种带螨。这几方面的虫源在发菌期内长期共同繁殖，菌丝很快被食尽，菇家称之“退菌”。在这种情况下，既无法补种，也无法用药防治，栽培宣告失败。
２、防治方法
（１）杜绝菌种带螨：在一些粗泛的菌种场，菌龄长，高温过夏、场地处理不干净，常在菌种中带有螨虫。在使用这种菌种时要注意检查，看是否有螨害症状。可喷入一些药剂，迫使螨虫爬出菌种瓶，用放大镜观察，如有螨虫不予使用。
（２）确保二次发酵质量：能有效地减少培养料和栽培房内螨虫数量。
（３）在螨害严重的菇场，可考虑用夏菇宁处理培养料。
３、重视调菇水阶段的防治：在螨害严重的菇场内，要强调在施调菇水时用药防治。药剂可重点选用杀螨剂。如：阿维菌素类药剂、联苯菊脂或立打螨，也可用菇虫净１０００倍喷施，能将发菌期的螨虫杀死，减少出菇期虫量。
４、出菇期的防治，重在用速效性杀螨剂。在大菇采净后施用，间隔４－５天后，重施一次，一般喷施３次后，基本上可减少螨虫对正常产量的影响，达到正常出菇的目的。
（六）线虫
为害食用菌的线虫，体形微小，长度在０.５－１毫米。主要群集在潮湿的培养料中。菌丝被害后，其症状与生理性的菌丝萎缩相似，进而培养料腐烂发臭。因而常又把线虫作为一种病害来防治。
防治方法：由于在菇床上多次用药，特别是使用了菇虫净后，线虫能得到有效的控制，因而目前线虫在蘑菇上不是优势种，为害性不大。
