双孢菇在栽培过程中常常出现薄皮菇或空心菇，对产量和品质有较大的影响。在双孢菇生产中可采取以下措施进行防治：
薄皮菇的形成主要是因为温度偏高，子实体生长速度快，加上密度大，营养供应不上所致。产生薄皮菇也与品种的特性有关。贴生型品种大多数出菇密，容易产生薄皮菇，产量低，质量差。气生型品种的培养料和覆土层过薄，再加上喷水少而轻，造成营养和水分供应不足，也会产生薄皮菇。覆土后的调水期间，由于喷水轻，喷水次数多，调水快，菇房通风少，菇房内空气湿度大，菌生长的部位过高，子实体长在细土表层，根基浅，也易产生薄皮菇。对土层调水期间应适当通风，使出菇部位处在粗土层与细土层之间，就可减少薄皮菇。
出菇期间菇房空气湿度过小，菇体水分蒸发快，再加上土面喷水少，土层过干，迅速生长的子实体得不到水分的补充，就会在菇柄产生白色疏松的髓部，甚至在菇柄中产生空心菇。在盛产期及时喷水，并适当进行间歇喷水，不使土层过干，就能使快速生长的子实体得到充足水分，可较好地预防空心菇的产生。
