目前，我国食用菌产业有了新发展，但也应看到我国食用菌产业也存在一些问题。一，我国栽培的食用菌育成的品种少并且不配套；二，菌种生产销售管理混乱，胡乱引种、制种，随意销售现象普遍存在，菌种市场鱼龙混杂，良莠不齐，同种异名，异名同种，劣质退化菌种充斥市场，坑害菇农事件时有发生；三，生产管理粗放，栽培技术落后；四，食用菌研究力量薄弱，缺乏研究食用菌的高级人才，尤其是那些真正能够理论联系实际的人才；五，食用菌生产缺乏专业化、标准化和产业化生产，生产效率、规模、产品质量受到影响；六，食用菌保鲜加工的能力薄弱，缺乏更深层次的开发利用；七，食用菌产品的商品流通渠道不畅、信息不灵，对国内外市场信息研究不够。
目前我国食用菌产业发展趋势有：加强市场信息调研，防止盲目生产、一哄而起，挫伤菇农生产积极性；由单一的栽培方式向多种栽培方式发展，并逐步趋向于工厂化、专业化生产，进行集约化、产业化栽培；增加科技投入，借鉴欧、美、日先进经验和技术，提高科研水平和生产管理水平，特别是在遗传育种上下大工夫；加强机械研究、推广和应用；开发新原料资源（原辅料）；加强食用菌资源普查，建立食用菌基因库，保护生物资源多样性，为引种、驯化、育种和栽培提供宝贵的种质资源，不断加强开发利用野生食用菌资源等。
