在菌种质量方面,通过抽检合格率占47-65%,主要问题体现为总体质量低下,杂菌、长速、不均匀,易出现错种、批量污染、大幅度减产等不良事故。张金霞研究员指出,大规模生产使用不同厂家菌种可降低菌种风险,同时表示检测合格不等于优质菌种,合格实质上是最低标准技术制约,本质问题不能检出,如活力、抗性等。据2007-2010年行业科技项目调查鉴定,20万吨以上大宗栽培种类具遗传特异性的品种343个,大量使用的每种当家品种4-6个。香菇大量使用品种为939、武香1、135、庆科20、L808,平菇大量使用品种为99、89、亚光1,黑木耳大量使用品种为黑威29、丰收4、延特3、新科1、黑A,品种问题普遍存在:育种者程序不规范、稳定性差、特征特性欠详,生产者受利益驱动、随意冠名、随意引种串种、种源质量差,栽培者不切实际,需求倒逼随意冠名,加剧品种混乱。例如平菇99曾有42个同物异名,目前还在增加。
张金霞研究员讲到:自2006年《食用菌菌种管理办法》实施至今,认定品种120个,含27种(变种)。自2009开始进行菌种抽检,抽检涵盖15个省,抽检食用菌种类15个, 品种320个(次),菌种厂104家(次),抽样470个。主要存在利润低,风险大,具备能力的不愿做,不具备能力的大胆做,具有技术支持能力的科研和大专远销多已不再出售菌种,为违规生产者提供了市场空间的问题。我国多省处于无人管理状态,甚至生产省仍未管理,未按要求分级生产,而是购买极少量母种,无限扩繁,1.5-2亿袋来自核发生产,占市场总量5-7%,在进出口方面,有法不依,按规定履行程序的很少,特别是进口处于失控状态,有的经林业部门办理进口手续。山东、福建、浙江、吉林、黑龙江、上海、北京的省级认定品种总量超过国家认定,认定品种的使用并不普遍,存在随意冠名更名的现象。