1986年，全国食用菌总产量50万吨，产值25亿元。原国家经贸委食品工业办公室、中国食品工业协会批复同意成立“食用菌专业协会”筹备组，同意由商业部牵头，联合各有关部门和科研单位及学术团体、大专院校组建。
1987年11月30日—12月1日，中国食品工业协会食用菌专业委员会在北京成立。选举肖连亚为会长、孟凯为副会长、蒋润浩为秘书长。潘遥副部长、杜子端副部长和裘维蕃教授出席会议并讲话。
1989年11月6日—10日，江苏省对外科技交流中心与国际蘑菇学会（ISMS）在南京召开国际食用菌生物技术讨论会，12个国家和地区494名代表出席，樊庆笙担任组委会主席，樊庆笙、杨新美、臧穆、杨庆尧、黄年来、朱宝兰、王泽生等作学术报告。
1991年2月，轻工业部授予香港中文大学教授张树庭“1990年国际合作奖”，张教授建议轻工业部建立食用菌研究开发中心，加强技术推广工作。
1991年，食用菌专业委员会向全国发函，提议《制定全国食用菌“八五”计划纲要》。
1991年，中国药学会、食用菌专业委员会、北京医科大学联合召开“全国灵芝专题研讨会。会议建议在食用菌专业委员会下设药用真菌专业组织。
1992年，经社团登记，“中国食用菌协会”获准为国家一级协会。
1994年，经北京新闻出版局批准，《中国食用菌信息》改为《全国食用菌信息》并出刊。1994年全国总产量300万吨，产值90亿元。
1994年，中国食用菌协会第二届第一次常务理事会议在北京召开，选举原商业部副部长潘遥为会长，孟凯、肖连亚和蒋润浩为执行会长。
1995年10月23日-26日，中国食用菌协会主办“1995中国（福州）食用菌新技术、新产品交流展示会”。讨论了《“九五”规划纲要》等。
1996年，《人民日报》以“点草成金”为题，报道福建农业大学林占熺利用野草原料栽培食用菌成功，首次利用29种野草栽培34种食用菌。
1997年10月，中国食用菌协会与《中国技术市场》报联办《中国食用菌市场》专刊。
1999年，中国食用菌协会等单位承办的《香菇》行业标准经国家质量技术监督局审定，全国供销合作社发布。同年，经民政部批准，中国食用菌协会准予登记，登记号为3427。
2000年4月12日，经中华全国供销合作总社批准，顾二熊副主任兼任中国食用菌协会会长。同年，10月16日—18日，中国食用菌协会第三次会员代表大会暨新技术新产品交流会于烟台召开。
2001年4月24日，顾二熊会长代表中国食用菌协会发表声明，强烈要求日本政府立即取消对进口中国鲜香菇的限制，恢复正常贸易秩序。
2002年8月21日，姜春云副委员长在中国食用菌协会的报告上批示：“报告提出的几个问题对加快食用菌产业发展至关重要，其中一些主要依靠协会和生产者解决，有些则需要有关部门支持解决，希望多作协调工作，共同努力，确保食用菌生产、加工、销售上新的水平，取得更好的成效。”2002年全国总产量876万吨，产值409万元。
2003年3月20日，中国食用菌协会发布《关于实施食用菌标准化生产的意见（试行）》。12月25日，在北京召开“全国食用菌标准化会议”。
2004年2月9日—12日，中国食用菌协会与欧盟合作的食用菌项目研讨会在北京召开，合作名称为“小蘑菇大商业”，合作内容主要为加强国际培训，通过人才培训和技术进步推进我国食用菌产业发展。
2004年1月20日，国务院批准外交部《关于中国食用菌协会申请加入国际蘑菇学会的请示》。3月14日—18日，“第16届国际食用菌大会”在美国迈阿密召开，中国正式加入国际蘑菇学会（ISMS）。
2004年7月1日——7日，中国食用菌协会在北京举办第一期《菌类园艺工》职业资格培训班。2004年全国总产量为1160万吨，产值481亿元。
2004年9月7日，回良玉副总理对中国食用菌协会呈报的《针对日本实施“种苗修正案”急需我国香菇DNA标准指纹图谱的请示》作出批示，要求采取有效措施积极应对。农业部、财政部、商务部和科技部等进行了会商并提出针对性措施。
2005年11月17日-19日，中国食用菌协会第四次会员代表大会在江苏南通召开，中华全国供销合作总社监事会副主任李树萍当选为会长，陆解人为常务副会长（法定代表人）、管士萍为秘书长。
2006年3月，中国食用菌协会批复，同意与上海大山合集团共建“中国菇菌博物馆”。
2006年3月31日，中国食用菌协会启动“小蘑菇新农村行动计划”。至2008年底，全国有278个村（镇、县）成为参与建设，200个行动村成为示范村。
2006年9月27日，商务部主办、中国食用菌协会承办“发展中国家食用菌培训班”在北京举办，14个国家和地区的19名学中参加。
2006年月11月22日，民政部批准中国食用菌协会成立香菇、黑木耳和白灵菇分会。
2007年12月8日—9日，“国际食（药）用菌生物科学高峰论坛暨中国（古田）食用菌节—纪念中国食用菌协会成立二十周年”在福建古田举行。会议由中国食用菌协会、福建省农业厅和宁德市人民政府共同主办。
2008年6月10日，中国食用菌协会决定投入70万元，援建四川什邡市菌种场，帮助开展“5，12”汶川大地震的灾后重建工作。
2009年2月23日，全国银耳标准化工作组在福建省古田县成立。
2009年10月18日，“海峡两岸食用菌技术与产业发展研讨会”在庐山开幕。会议由中国食用菌协会、九江市人民政府主办，中华全国供销合作总社台湾事务办公室支持，仙客来公司承办。
2009年12月2日，中国食用菌协会副会长李玉同志当选中国工程院院士。2009年全国总产量超过2020万吨，产值超过1103亿元。
2010年10月27日，中国食菌协会第五次会员代表大会在北京召开，中华全国供销合作总社监事会副主任张祥茂同志当选为会长。
2011年9月8日，首届中华菌文化节在河北省平泉县举办。
2012年4月10日，民政部批准中国食用菌协会成立文化专业委员会、市场流通专业委员会。
2012年8月27日—30日，国际蘑菇学会第十八次大会在北京召开，会议由中国食用菌协会、中国农业科学院和中国食口出畜产进出口商会共同承办。
2012年10月20日，中国食用菌协会标准化技术委员会在昆明成立并召开相关会议。
2012年10月29日，2012年度保梁何利基金颁奖大会在北京举办，中国食用菌协会副会长吴清平获得产业创新奖。
2013年3月25日，中国食用菌协会工厂化专业委员会在北京召开成立大会。2013年，全国总产量3169.68万吨，产值2017.9亿元。
2014年3月16日，中国食用菌协会举办“2014中国食用菌行业大会暨中国（四川·金堂）食用菌新技术新产品菌需物资博览会”，明确了定期举办年度行业大会和春季博览会。
2014年9月20至21日，中国食用菌协会在陕西杨凌举办“中国国际食用菌烹饪大赛暨中国（杨凌）食用菌行业秋季博览会”，明确了定期举办秋季博览会。
2015年10月30日-31日，中国食用菌协会在北京举办“中国食用菌产业‘十二五’（2010-2015）百项优秀成果展示交易会”，顾秀莲、王侠等领导出席大会。同期召开中国食用菌协会第六次会员代表大会，全国政协委员、中华全国供销合作总社原副主任顾国新同志当选为会长。
2015年11月11日-13日，国际蘑菇学会、中国食用菌协会和福建农林大学共同发起成立“国际金针菇专家工作组”，并在福建农林大学举办成立大会暨学术研讨会。
2015年12月7日，中国食用菌协会副会长吴清平同志当选为中国工程院院士。
2016年3月，顾国新会长出席全国政协第十二届四次会议，代表行业提交了《关于对食用菌鲜品运输实行“绿色通道”政策》和《关于充分发挥食用菌产业在精准扶贫工作中作用》的两项提案，积极解决行业实际问题并争取政策支持。
2016年3月18日，中国食用菌协会在江苏省连云港市举办“2016中国食用菌行业大会暨春季博览会”。第十届全国人大常委会副委员长顾秀莲、联合国粮农组织驻中国首席代表伯希米西卡，以及多国驻华使节、国际蘑菇学会代表等出席。同期举办 “‘一带一路’沿线国家食用菌圆桌会议” 。
2016年5月22日，“国际蘑菇学会采后专家工作组成立暨食用菌加工、保鲜专题研讨会”在山东济南举办，由中华全国供销合作总社济南果品研究院承办，国际蘑菇学会主席格雷格·西莫先生出席会议。
2016年5月29日-6月2日，国际蘑菇学会在荷兰阿姆斯特丹主办“第19届国际食用菌大会”，其间，还举办了第34届荷兰蘑菇节。62个国家和地区的食用菌及相关领域的科研人员、企业家及服务提供商参加。中国的100余名代表参加了会议和展览展示活动。
2016年7月6日，“贵州省黔西南州食用菌产业上市企业（重点骨干企业）座谈会暨项目签约仪式”在贵州贵阳市举行。贵州省孙志刚省长、顾国新会长、刘远坤副省长以及80余家龙头企业负责人参加会议。
2016年9月3日-4日，“全国药用菌产业发展大会”在安徽省金寨县成功举办，举行了“中国药用菌大市场”的开启仪式，发布了《全国药用菌产业宣言》。
2017年中央一号文件将食用菌产业列入“优势特色产业”之一，提出了“提档升级”和“提质增效”的要求。
2017年6月7日，中国食用菌协会在青岛西海岸新区举办“2017首届全国食用特色小镇产业发展大会”。
2017年3月15日，国家发改委连维良副主任主持召开 “部分行业协会商信用体系建设工作座谈会”，我会作为第一批试点的16个行业协会之一，参加了会议并汇报。同年，4月27日，国家发展改革委财政金融司向我会发出《关于推进行业信用体系建设有关工作建议的函》，明确了有关工作要求。
2017年12月20日，中华全国供销合作总社批准发布《食用菌培养基用蒸汽灭菌器》、《食用菌环境机组》两项行业标准。同期，中国食用菌协会制定《团体标准管理办法（试行）》并启动相关工作，中国食用菌协会第一个团体标准《食用菌工厂优质设备供应商评价准则》经中华全国供销合作总社批准立项。
