众多耳熟能详的食用菌、药用菌和毒蘑菇，都是蘑菇目（Agaricales）的成员，该目真菌具有重要经济价值和生态价值。前人将该目真菌划分为8亚目、46科，然而一些科属的系统位置以及科属内的亲缘关系并不清楚。例如，拟口蘑属（Tricholomopsis）和元蘑属（Sarcomyxa）真菌的系统位置就一直没有定论。
与国内外同行合作，中国科学院昆明植物研究所真菌多样性与分子进化专题组对全球拟口蘑属、元蘑属、大核瑚菌属（Macrotyphula）、黄侧耳属（Phyllotopsis）等类群的真菌样品开展了浅层基因组测序，结合数据库中公开的蘑菇目其他某些物种的基因组数据，通过单拷贝直系同源基因提取、基因冲突检测、系统发育树构建、拓扑结构检测等分析方法，基于555个单拷贝直系同源基因的氨基酸序列，重建了迄今解析度和分辨率最高的蘑菇目系统发育框架，明晰了多数亚目间的亲缘关系，锚定了拟口蘑属和元蘑属的系统位置。该研究提出蘑菇目10亚目的新分类系统，对其中数个亚目的成员做了适当调整，正式发表2个新亚目（元蘑亚目Sarcomyxineae和黄褶菌亚目Phyllotopsidineae）、1个新属（锥头伞属Conoloma）、2个新组和6个新种，解决了我国拟口蘑属分类中的诸多问题，探讨了该属物种的基质偏好性和菌盖表面鳞片演化规律。
该研究对进一步认识蘑菇目各大类群间的系统发育关系具有较重要的科学意义，成果发表在中国菌物学会的旗舰期刊Mycology上。昆明植物研究所博士研究生王庚申为论文第一作者，杨祝良研究员为通讯作者。该研究得到了云南省科技领军人才项目（202305AB350004）等项目的资助。
图1. 基于555个单拷贝直系同源基因构建的蘑菇目最大似然树。节点数值为BS支持率，未标注数据的节点支持率为100%。
图2. 拟口蘑属Tricholomopsis部分物种的野外照片。a–b 草甸拟口蘑T. compestris；c 凹盖拟口蘑T. depressa；d 火红拟口蘑T. flammula；e 淡粉拟口蘑T. mitirubicunda；f 淡黄拟口蘑T. pallidolutea；g 赭红拟口蘑T. rutilans；h 硫色拟口蘑T. sulfureoides；i 云南拟口蘑T. yunnanensis。比例尺=1 cm。
图3. 拟口蘑属基质偏好和盖表鳞片祖先状态重建。拟口蘑属下各组名称标注在对应的分支。
