生物修复技术为广东省“再造”蓝天碧水创造了条件。广东省微生物所在广东的环境治理方面走在前列，早在上世纪五六十年代，社会还未太多关注环境污染之时，我国著名的环保先驱简浩然就致力于广东的环保事业。生态环境安全和污染物治理已经成为一个重要的全球性问题，由广东省微生物所主持的环保科研项目获国家环保科技进步奖一等奖，是全国省属科研机构唯一获得该奖的单位。从当地水污染治理中的老大难问题入手，广东省微生物所形成了一整套高效经济地处理含氨和芳香烃类毒害性废水的微生物新技术。为解决同时含有高浓度氨氮和各种芳香族污染物的毒害性废水处理中的共性和关键性难点问题建立了可靠的技术途径。
改革开放之初具有丰富实践经验，年逾七旬的简浩然先生指导年轻科学家攻克油制气厂污水处理，近年以该所副所长孙国萍研究员为首的研究团队坚守环保第一线，先后在环境微生物资源及其分子生物学领域，油制气废水、垃圾渗滤液、印染废水等高浓度、难降解废水治理的研发，恶臭和有毒有害工业废气的治理，以及化学物质的环境生态安全评价方面取得了一系列的成果。广东省微生物所长期立足于广东省公益性环境保护与污染治理的难点问题，开展典型环境污染物的微生物资源与微生物降解机制的原创性基础理论研究、高新生物工程技术应用开发与生态安全评价及预警技术研究，逐渐形成了实验室基础研究和实际应用紧密结合的鲜明特点。为企业解决了多项环保难点问题和关键性共性问题，为广东省特别是珠三角地区的环境保护作出了积极的贡献。
在中科院与广东省新一轮科技合作中，广东省微生物所积极参与中科院佛山产业技术创新育成中心的建设，已建成的生态毒理与环境安全实验室成为中科院这个平台第一个为社会服务，产生社会效益和经济效益的实验室。2011年2月11日，全国人大常委会副委员长、时任中国科学院院长路甬祥视察该实验室时给予充分肯定：没想到这么快就投入使用，很务实、做得好！
5月19日，中共中央政治局委员、广东省委书记汪洋，广东省委副书记、省长黄华华在听取了该室负责人汇报后，关切地询问道：“什么时候可以拿到相关的国际资质？”临走时汪洋希望该室取得相关国际资质，打破国外的技术壁垒，为我国的化学品出口扫清道路。
