上述提供的平菇原种培养基配方，不做任何改变均可作为平菇栽培种配方。栽培种培养基制作栽培种培养基制作方法与原种制作方法相同栽培种多采用塑料薄膜袋来进行培养，塑料袋装量多，价格便宜，易于运输，使用也方便。栽培种用高压锅灭菌时，必须用005毫米厚的聚丙烯塑料袋；聚丙烯袋耐高温高压，高压灭菌时不会变形。用普通蒸锅常压灭菌时，可选用035~004毫米厚的高密度聚乙烯塑料袋。袋的规格有两种，一种是宽17厘米长35厘米的折角袋，装料与扎口方法和原种袋相同。
另一种是用宽17厘米的筒料，裁成3335厘米的段，一端在使用前用塑料绳扎口，装料后再用塑料绳把另一端口扎好，扎绳紧贴料面，绳结外侧留有2厘米的长度，为以后接放的菌种留有余地。栽培种接种栽培种接种就是把原种接入栽培种培养料的过程。栽培种接种过程也要按照无菌操作的要求，可在接种室、接种帐进行，但要减少进、出次数和增加接量。
原种接入栽培种培养料时，用长柄镊子或接种铲挖取大枣大小1块原种，放入塑料袋培养料中央的洞口；也可用镊子先将瓶内原种弄碎，然后瓶口对着袋口倒入弄碎的原种，使菌种撒在料面上，塞上棉塞，将塑料袋口包扎好。一般1瓶原种可接种30袋一端封口的袋装栽培种、60瓶瓶当加大接种量，这样菌丝延快，培养时间可相应缩多可装我种，12一5两端开的袋装栽培种如原种充足栽培种菌龄是自接种之日开始计算的，不同种类的食用菌栽培种生长速度不同，因此最适菌龄也就不同。
但是，无论菌丝长得快慢。均是菌丝长满瓶(袋)后的7天内是使用的最佳菌龄。此期正是菌种的青壮年时期，菌丝分布均匀，细胞内营养物质积累充足，生命力旺盛，转接后吃料快。菌种长满后，随着培养时间的延长，菌种逐渐老化，培养基失水，菌种干缩，活力下降。因此，栽培种菌丝长满瓶(袋)后要及时使用。栽培种是用于接种栽培出菇袋的，用种量多对菌袋培养基的覆盖面大、发菌快，可以控制杂菌污染和有效地缩短发菌时间，提早出菇。但是菌种不能作为培养基使用，所以对产量的提高没有关系，也就是说不存在栽培种用量越大产量就越高的说法。
用种量过大还会出现菌袋的污染问题，如接种时菌种的菌丝被打断，堆积在出菇袋内，菌种受伤后呼吸强烈，产生很大的热量分泌出很多的水分，若不能及时散发出去，就容易引起烧菌和死亡现象；死亡的菌丝被杂菌侵染后又感染新菌袋，则造成菌袋报废。另外，菌种的菌丝菌龄比新接种的菌丝长30多天，容易在菌袋内出菇，影响菌袋的正常发菌。因此，接种时用种量应以覆盖培养面为宜，不应过量用种。栽培种菌丝培养栽培种菌丝培养请参见原种菌丝培养。
菌种保藏和贮藏：1.菌种保藏菌种保藏的目的在于在较长时间内保持菌种的生存，保持菌种形态、遗传、生理等优良的农艺性状的稳定，保持其纯培养状态，免受其他生物的侵染菌种的保藏方法有很多，常用的有继代培养低温保藏、液体石蜡覆盖保藏、蒸馏水覆盖低温保藏、超低温冰箱保藏和液氮超低温冻结保藏。
继代培养低温保藏将菌种放在4℃~6℃恒温箱中保藏3~6个月，然后重新进行移接，移接后再放回恒温箱内继续保藏。此法是目前普遍采用的方法，优点是应用仪器设备简单，操作方便、简便易行。缺点是菌种退化快，较长时间保藏后常出现菌丝生长缓慢，甚至不能生长现象，有的品种还会形成色素。液体石蜡覆盖保藏将无菌的液体石蜡覆盖于菌种斜面表面，隔绝菌种的氧气供应，以控制生长，减缓老化，减少变异。此法有时会出现大量分泌色素、发生角变、菌丝变稀弱、生长不正常等问题蒸馏水覆盖低温保藏将无菌蒸馏水注入需要保藏菌种的斜面菌种内，然后把菌袋(瓶)直立放置于4℃~6℃恒温箱保藏，此法常被用作菌种的短期保藏，1年左右需要继代培养1次。超低温冰箱保藏此法需要超低温冰箱，温度控制在-76℃~-80℃,可以长期保藏。液氮超低温冻结保藏此法是将菌种置于保护剂中，经程序降温至-90℃,将菌种置于液氮容器中长期保藏。
2.菌种贮藏菌种贮藏的目的在于防止因污染减缓菌种的代谢和造成衰老，保持菌种活力和纯培养状态，使之处于随时可用的生理状态，保持菌种的商品质量。菌种贮藏有以下基本要求。(1)环境卫生菌种贮藏场所要干燥、洁净，远离石灰场、水泥场等粉尘大量发生地，以防粉尘导致的污染。(2)环境湿度和通风贮藏场所不可湿度过大，要保持空气流通良好，以带走菌种呼吸而产生的大量水分，使空气相对湿度保持在6%以下，以防污染。(3)避光光照可加快菌丝老化，刺激子实体形成，子实体形成将消耗菌种的大量养分。
因此，菌种贮藏要避光，以避免子实体形成(4)适度分散贮藏期间菌种仍处于代谢状态，其代谢的活跃程度主要取决于贮藏场所的温度。当菌种紧密叠放时，代谢热不能较快地散出，代谢产生的水分也不能及时排出，不利于菌种质量的保持。(5)减少人员出入过多的人来人往，易导致贮藏场所温度升高，同时空气流动使空气中悬浮物增加，易造成污染。因此菌种贮藏场所要尽量减少人员的出入，除定期定时的菌种贮藏状态检查外，应禁止一切无关人员的出入。
3.平菇菌种的贮存时间当培养基上长满菌丝后，如果菌种暂时不用，可放置于较低的温度下贮藏。母种在4℃~6℃条件下可贮藏时间90天，原种在4℃~6℃条件下可贮藏45天，栽培种在25℃以下条件下可贮藏10天、在1℃~6℃条件下可贮藏45天。
