在自然界中，空气、水、土壤、动植物体内外，以及各种物品上都存在大量的微生物。制备食用菌菌种，要用有效的方法抑制其它微生物生长，创造有利于食用菌生长的环境条件，这就需要我们在食用菌生产中对各个环节进行消毒。消毒可分为：低温消毒、沸水消毒和化学药剂消毒三种方法。
低温消毒
低温消毒就是在60-75度的温度下消毒。低温消毒可把大部分微生物的营养细胞杀死，如培养料的发酵过程既是一个低温消毒过程，可以有效杀死生料中的有害杂菌及害虫。
沸水消毒
沸水消毒就是在沸水中煮沸30-40分钟，以杀死微生物的营养细胞。若要杀死细菌的芽孢或霉菌的孢子，则需延长煮沸时间达2小时以上，主要用于金属接种器具、针筒等的消毒。
化学药剂消毒
化学药剂消毒是利用化学药物进行杀死微生物的方法。
(1)常用于消毒的消毒剂有：用于熏蒸，空气消毒的主要是37%-40%的甲醛原液;用于喷洒地面、墙壁消毒的有：5%的石碳酸溶液、2%-5%的漂白粉溶液、1%-2%的来苏尔、波尔多液(1：1的硫酸铜、石灰稀释配置成100-200倍的溶液)等。
注意：操作者进入菇房时尽量将甲醛气体排尽。
(2)用于接种室、器械、菇木表面等消毒剂：接种时台面、器械、菇木表面、接种人员的手等常用70%-75%的酒精消毒，不可用无水乙醇及95%的乙醇。此外，还可以用5%的甲醛、0.25%新洁尔灭、0.1%的升汞溶液、0.1%-0.2%的高锰酸钾溶液等进行消毒。
