羊肚菌作为抗逆性相对较弱的食用菌种类，出菇期棚内管理不到位，生长环境不适宜，会增加原基、幼菇损伤甚至死亡的风险，所以要加强日常管护，做到精细化管理。
控制温度
出菇期羊肚菌原基、幼菇对温度敏感，棚内温度应控制20℃以下，畦面温度控制应在8℃~15℃之间。畦面温度如低于5℃要闭棚保温，高于18℃棚顶喷水降温，切记不可中午高温时棚内直接喷水降温，以免造成幼菇死亡、成品菇商品性降低。
适宜光照
出菇期棚内光照过于强烈或者长期无光照，都会导致羊肚菌生长不良甚至无法生长，因此在菇棚上应覆盖遮阳率90%的遮阳网，为羊肚菌提供适宜的散射光照，促使其正常成熟。
注意通风
出菇期菇棚中要保持的空气流通，棚内温度较低两侧通风开小至10厘米左右，高温两侧通风开大，棚体内部四周要增加地面围挡，畦面及土壤因通风湿度降低，可以早晚微喷补水3分钟~5分钟左右。适时采收当羊肚菌菌帽蜂窝打开，颜色变为深灰色进行采收时轻握菌柄，使用消毒后刀具从菌柄底部1厘米处进行切割。切勿用手直接拔起，采收后的羊肚菌要及时冷藏或烘干处理。
