灵芝菌种在生产应用中，经过多次无性繁殖和其他条件的影响，常常出现菌种老化和退化的现象：接种后菌丝生长缓慢，纤细，菌丝稀疏，栽培出的灵芝会变形、变小而畸形，因此必须采取措施，进行菌种的复壮，一般采取以下几个措施：
1. 培养基灭菌时间和温度要切实掌握，酸碱度要适宜。
2. 制作培养基的配方灵活掌握，经常更换，几种培养基可交替使用。
3. 菌种培养温度、湿度适宜，严防高温高湿，杜绝杂菌污染。
4. 母种转管次数不能太多，一般不超过5代。
5. 灵芝菌种每年复壮一次，选择个体大，菇形漂亮、健壮无病虫害的子实体进行组织分离或孢子分离，再去劣存优，进行扩大繁殖，提高菌种质量。
