食用菌优质安全生产是食用菌产业可持续发展的重要内容，有利于节约资源，保护环境，提高产品在国际市场的竞争力，提高出口贸易量和价格，增加菇农效益。近年来随着食用菌种植品种的增加，利用栽培资源种类的拓宽，栽培面积的扩大和栽培地域的扩展，一些产区由于栽培配方的改变，为追求高产添加一些用途机理不明的化学成分，为片面追求省工，采取一些不科学的生产管理措施，加上环境、水质对栽培环境的影响，食用菌栽培受污染的事件时有发生。我国在加入WTO后，许多产品要经受国际市场的严格检验，国内也要实行食品市场准入制。因此，有必要提出和实施食用菌优质安全生产，提高产品的质量，使产品符合“天然、营养、保健”的新要求。
食用菌生产栽培管理要把握以下原则：一是确保原材料的安全性，包括作为培养基质的木屑、棉籽壳、麸皮、作物秸秆、覆土材料及各种添加成分的安全性，杂菌污染后的原材料，污染的部分不可重新用于栽培，以防有害成分的积累；二是所选择栽培场所的环境卫生和水质标准应符合食品生产的环境、水质要求，直接喷洒在菇体上的用水要符合饮用水标准；三是病虫防治和生产、加工环境治理要贯彻以防为主，决不允许向菇体直接喷洒农药。不得不使用药剂时，要选用低毒高效的生物试剂，且使用药剂的时间，剂量应遵循农药安全使用标准。空间消毒剂提倡使用紫外线消毒和75%的酒精消毒。
具体措施要求有以下六条：
1、栽培场周边环境选择。食用菌栽培场应选在远离可能造成污染的地方，周边环境符合食品卫生要求，对人体健康无危害，没有污染源和尘土，在城镇周边选择栽培场，更要注意远离人口密集的居民点和公路主干道，还要防止城市生活垃圾有害废气、废水及过多的人群活动造成的污染。
2、地形地貌的选择。食用菌栽培场的理想场所应选择在坐北朝南、地势开阔、水源干净、栽培资源丰富的地方，有利于空气的流通和好气性食用菌生长繁殖；作为绿色食品和有机食品栽培的环境大气应符合国家《环境空气质量标》中的一级标准，水质应符合饮用水标准，对于采用覆土栽培的食用菌种类，如双孢蘑菇、草菇、姬松茸、平菇，除根据各自栽培需要各自的土壤质量要求外，还需要符合国家标准《绿色食品产地环境技术条件》中的《土壤中各项污染物的指标控制要求》。
3、原材料的选择。现有人工栽培的食用菌均是腐生菌，采用农林下脚料为主原料配制成培养基进行栽培。选用无公害原料是防止食用菌产品污染的重要基础环节，对于以木屑为栽培主原料的，应事先进行原料安全性检测，若农药残留超标，可采用浸水、发酵等方法减少残留含量后使用；以粪草为栽培主原料的，受污染的机会较多，如农药残留、重金属镉等，应在栽培前对各种原料中相关成分进行必要的测试，选用危害成分含量低的原料为培养基质。在各种食用菌栽培时严格按配方用料，配方组成严格按NY5099－2002《食用菌栽培基质安全技术要求》标准执行。
4、原料加工及配制过程的控制。严格控制加工环境，不使原料加工过程中受到有害物质的入侵，如在加工粉碎过程中要防止有害油污混入，防止含有芳香树种木屑混入；培养基各成分应都是安全的原料，严格按培养基配方配制，不可随意加入自认为可增产的成分，如化肥、营养剂等，使用的工具、机械应是安全卫生的用具。
5、栽培品种和栽培模式的控制。目前可人工栽培的食用菌和药用菌近50种，还有近百种可驯化为人工栽培的种类。由于其菌丝生长的适宜温度、湿度、生长速度各有差异，对外界物质分解的速度和同化能力也各有区别，有的品种对某些金属具有较强的富聚能力，有的品种本身代谢中就有甲醛产生。若对某些成分有特殊要求的产品，应考虑食用菌各品种营养代谢的特性。平菇类较易富聚重金属，且各品种间这种富聚能力有差别。栽培模式与造成污染的相关性也不可忽视。对于覆土栽培的种类，应控制覆土材料的安全性，脱袋栽培模式在畦栽时也要注意畦上土壤的安全性和浸水时水质的安全性，不脱袋栽培应注意栽培环境和注水的水质安全性。
6、栽培管理过程的控制。主要是水质质量控制和采收用具的卫生，对直接喷在子实体上面的水质，一定要符合饮用水的标准，对于浸泡菌袋的水质至少要符合禽畜饮用水标准，对于采收用具应符合食品原料卫生要求，包括采收人员卫生健康，特殊种类采收时应戴专用手套等。
总之，在食用菌生产过程中，应从环境和生产各环节加以重视，严格执行NY/T3912－2000《绿色食品产地环境技术条件》和NY-5095～NY-5099的绿色食品《香菇》、《平菇》、《双孢蘑菇》、《黑木耳》等产品质量标准及《食用菌栽培基质安全技术要求》，使食用菌产品不仅成为无公害食品，而且成为绿色食品、有机食品。
