香菇、猴头菇、木耳等应用二次套袋技术（即在菇筒出灶时加套一层薄膜袋，使袋内菇筒不直接接触环境空气），可有效地解决菌筒在生产过程中交叉感染的问题，菌株成活率能保持在９７％以上。现将该技术介绍如下：
外袋的准备 外袋宜选用周长大于内袋周长２厘米、长度比内袋长５厘米的低压聚乙烯薄膜袋，一头打结封口待用。
及时套袋 料筒经过高温灭菌出灶时，边取出边用外袋套好，并拧紧袋口搬入培养室，将料筒温度降至２５℃以下。要注意的是，料筒出灶后应迅速装入外袋，避免其与外界环境接触时间过长而感染杂菌。
接种操作 接种时，在接种室或接种箱内解开外袋，向封闭一方推动，拉开４／５后进行接种，接种完后马上套好外袋拧紧放置。 适时脱去外袋 在培养过程中要注意培养室的温度，待菌筒内的菌丝发至８０％左右时脱去外层袋，按常规生产方法管理。
