(一)出耳培养基的配制
出耳培养基的配制方法同原种和栽培种，但配方多样化。可根据当地资源条件选用相应配方，配方详见表二。表中配方以配方二最高产，其次配方一、配方三。
表二 黑木耳培养基的配
一 二 三 四 五 六 七
木屑 78 48 8
棉籽壳 30 78 75
玉米蕊(黄豆大颗粒) 77.5
稻草(粉碎) 75
谷壳 10
蔗渣 87.5
粉碎豆秸杆 88
麸皮 20 15 10 10 10 20 15
糖 1 1 1 1 1 1 1
石膏 1 1 1 1 1 1
碳酸钙(石灰) 2 尿素0.5 0.5
含水量(%) 56 58 60 58 56 58 58
(二)拌料、装袋和灭菌
按生产菌袋的数量计算总用量，选择新鲜无霉变质的培养料，然后按配比称取各种原料，把糖和磷肥溶解在水中，进行拌料。料与水比例为1:1.3左右。含水量以手紧握培养料指缝间有水欲滴为宜。培养料中含水量在60%，堆闷30分钟后。装袋稍加压实并捆扎袋口。出耳菌袋规格为17×35×0.04。料袋的灭菌方法与制原种和栽培种相同，但由于菌袋生产采用大锅炉灭菌，灭菌袋数量大，不易灭透，故应想应延长灭菌3~4小时。即在100℃条件下应维持灭菌12小时以上。
(三)接种方法
黑木耳出耳袋的接种方法，以前采用袋内预留孔穴法，先前留一个通袋长孔，灭菌后将菌种塞入。但此法，不适合大规模生产灭菌采用。目前，广泛采用贴胶布法、石蜡封口法和套袋法。
1．贴胶布法
将装好的料袋(长40厘米左右)，用打孔器打4个孔，孔宽1.5厘米，深1.5厘米，孔距10厘米，用3×3厘米氧化锌胶布贴好，灭菌。接种时掀开胶布，接入菌种，然后重新用原胶布封闭接种孔。每袋栽培种可接30袋出耳袋。
2．石蜡封口法
在无菌操作前提下，用木锥打孔器在料袋正面打3孔，孔径1.5厘米，深1.5厘米。用接种器或手点上菌种，然后用加热液化后的石蜡，用毛刷粘取涂抹接过种的穴口。再翻袋，在背面再打2孔，并按上述方法点种，涂抹液化石蜡，石腊会当即凝固并封口穴口，每袋栽培种可接30袋出耳袋，此法接种速度快。同时，加热液化石腊可以杀死接种穴周围杂菌，防止杂菌污染，提高制袋成功率。
3．套袋法
采用石蜡接种法中用木锥打孔，点种方法接上菌，然后迅速套一层薄袋 (薄袋宽规格比料袋大2厘米)，并扎上套袋口。此法操作简便，而且发菌定植快，杂菌污染率低，是目前广为采用的一种接种方法。
(四)发菌培养
黑木耳菌袋培养室，应清洁、干燥，具有良好通风环境条件。可用于作培养室的设施环境有：房屋、场房和遮阳塑料大棚，老场地应对发菌室反复清洗或消毒处理，发菌效果以前者为佳。菌袋在发菌场地的放置按“品”形或“井”字形堆放。培养室温控制在22~26℃，第5~6天后开始翻动菌袋，不要强光和直射光，注意通风，空气相对湿度以70~80%为宜。
发菌期间应注意观察温度变化(袋温不能超过32℃)，防止温度升高烧菌。同时，应及时检出杂菌袋，防止污染。此外，还应防止培养室光线过亮，最好在弱光或暗光下培养。
当菌丝萌发至菌圈直径达到8~10厘米大小时应及时给菌袋换气，蜡封法只要翻倒菌袋即可；贴胶布法应掀一次胶布；套袋法可解开一次套袋口。菌圈互相接近时可撕掉胶布；解开套袋口。一般经过40~50天发菌期可发满袋，菌袋发满袋后可移入出耳场地进行出耳管理。
