栽培草腐菌，如草菇、鸡腿菇和双孢菇以及用发酵料袋栽平菇时，一般采用自然发酵法达到原料腐熟，初步杀灭病菌虫害的目的，但在实践中存在很多问题：1.中心部位厌氧发酵变酸，而外层原料变干，温度过低不足以杀灭病虫害；２.多次翻堆散失了温度，也增加了劳动量；３.常规的二次发酵是采用把原料置于封闭空间，分层放置，人工增温的方法，虽然能弥补一次发酵的缺陷，但也存在设施要求高，耗费能源多的问题，普通农户很难完成，并且人员进出封闭空间时，存在一定的危险性。
改良的二次发酵，是在原地进行，最大程度利用原料本身发生的热量，添加少量辅助设备即可完成,步骤如下：
1、 原料一次发酵
按常规方法建堆，原料经3d堆制，中心温度达到40ºC左右时进行第一次翻堆，由于补充了氧气，再经1—2d，堆温可达70ºC，然后进行第二次翻堆，经2d原料基本腐熟，然后重新建堆，进行二次发酵。
2、简易二次发酵法
2.1建堆要求
建堆时要求达到中空效果，可根据堆长平行放置三根木棍，下边用砖垫起，中间一根略高，宽度约0.8m，再用麻袋盖住，然后把原料轻翻到上面，即所谓的“地龙”，堆仍建成原来形状，从中间横插一根管子，至中空部位，然后把原料用塑料膜覆盖，周围用砖压住，建堆完毕。
2.2巴氏灭菌阶段
控温发酵2—3d后，原料呈红棕色，布满大量白色放线菌，已达到发酵目的，最后进行巴氏灭菌：把通风管与蒸汽发生器相连，通入蒸汽，使原料温度达到62—65ºC，维持10h，停止，巴氏灭菌可彻底杀灭有害生物。蒸汽发生器用旧柴油桶做成，顶部引出一个出汽管和上水阀门，置于灶上，加约2/3的水后，关闭进水阀门，烧火，水开后，出汽管产生蒸汽。当通气发酵阶段的措施可使温度达到巴氏灭菌的温度时，可不再使用蒸汽发生器。
2.3控温发酵阶段
建堆2d后检查温度，外层原料由于塑料膜保温和日光照射，温度可达45ºC左右，然后使用鼓风机与预留的管子相连，吹入新鲜空气，加快堆内空气循环,外层原料温度很快上升,达到52—55ºC时停止，并用开鼓风机的频率和时间长短来维持这一温度，完成控温发酵。
简易二次发酵的效果
1、传统发酵法时间长，需14—20d，能量损失多，改良二次发酵法时间缩短一半，只用7—10d，原料营养充足，产菇后劲足。总产量提高30%左右。
2、人工加快料内空气的循环，发酵料内温度均匀，多余气体从塑料底排出，即使边角处的原料也经过高温处理，灭菌彻底。用简易二次发酵法处理的原料，制成平菇菌棒，即使在出菇后期也无一发生黄菇病。
