金针菇为好气性真菌，在代谢过程中需要不断吸收新鲜空气。金针菇在催蕾期和子实体生长前期需要消耗大量的氧气，特别是在大量栽培时，当空气中二氧化碳浓度积累量超过0.6％，子实体和菌盖的发育就会受到抑制。但在子实体长至4厘米左右时，需要控制菇棚内的氧气含量，因为此后若菇棚内氧气含量较高，则金针菇菇针短，菇帽容易开伞。 金针菇催蕾期和子实体生长前期补氧方法：每天将菌袋外覆盖的薄膜揭开，并在早晨和傍晚打开棚室前后通风口通风1小时，然后将菌袋外的薄膜盖严保湿，关闭棚室前后的通风口。这样既可以补氧，又可以使菇棚内保持较高的湿度，有利于催蕾和子实体发育。 子实体迅速发育期要控氧，为保持菇房内空气新鲜，棚室前后通风口全天开放。为降低子实体周围的氧气含量，菌袋外覆盖的薄膜要盖严，但需在早晨和傍晚各通风一次，排出菌袋附近的不良气体。可以在早晨和傍晚给覆盖在菌袋外的薄膜鼓风一次通风换气，时间为10分钟左右。
