袋栽食用菌用大头针扎微孔，可增加氧气，改善通气条件，促进菌丝发育，有利于早出菇 （耳），提高产量和品质。打孔时应做到四注意：
打孔时间：一般应在栽培后3~5天进行。当菌丝变白萌发，并开始向培养料延伸时打孔。如打孔过早，菌丝还未萌动，容易感染杂菌；打孔过迟，菌丝在发育期缺氧，会影响菌丝生长。
打孔部位：选择打孔位置时应严格控制在菌种层上或菌丝延伸处，尤其是菌种用量少、菌丝延伸慢时，更不能在菌袋上到处乱打孔，以免引起杂菌污染和虫害。
打孔大小和数量：打孔一般用大头针即可（在筷子或木片上绑2~3根针），每次每袋围绕发菌层打7~10个孔，然后随菌丝发育延伸，每隔5~7天继续打孔。整个发菌期打3次孔即可。
打孔要灵活掌握：菇房（或出菇场）湿度较大、空间消毒不严、污染几率较高时，可以推迟打孔，也可以不打孔。培养料颗粒较小、含水量偏高时，可适当提前打孔，并增加打孔数量；培养料颗粒较大、含水量偏低时，可以晚打孔；菌种老化，菌丝长势弱，生长慢，应晚打孔。
